药学部担负着医院药品的采购、供应、调配，医院制剂生产，临床安全合理用药监控，Ⅰ期药物临床试验，药学科研与教学等工作。下设有药库、门诊药房、住院药房、中药房、灭菌制剂室、普通制剂室、中药制剂室、药品检验室、药学研究室、Ⅰ期药物临床试验室、质谱检测中心、临床药学室、药学情报室等二级职能部门。现有主任药师1人、副主任药师3人、主管药师11人、药师24人，其中博士后1人，博士2人、硕士6人，在读硕士3人。
技术型的药学供应与服务平台
药学部正在逐步改变原有的单纯药品供应调配的服务模式，通过科学研究和信息服务两个方面服务于临床，致力于促进药物治疗水平的提高和合理用药概念及知识的推广普及。主要开展的工作包括：
1. 治疗药物监测（TDM），综合测定结果与患者的临床情况，提出建议，保证病人的用药安全；
2. 药品不良反应局域网监测（ADRS）,负责全院的药品不良反应监测和呈报工作，并定期分析总结规律，以提高药品不良反应的防治率和临床药物治疗的安全性，并指导二炮二十余家医疗单位药品不良反应监测工作的开展；
3. 提供合理用药咨询，开展合理用药知识的宣传和服务；
4. 临床药师深入临床工作，反馈临床用药现状和临床对药学服务的需求，及时提供相关服务；
5. 药物利用研究及药物经济学评价，及时掌握最新合理用药理论，定期搜集全院病人的用药处方及病例医嘱资料，统计分析我院各类药物利用现状和趋势，利用网络及时把握全院用药的动态变化，为我院新药引进和合理用药研究积累资料；
6. 开展药物基因组学等临床药学实验研究，为广大患者提供个体化的药学服务。
以制剂的品种优化发展医院制剂平台
灭菌制剂和普通制剂现有品种40个（33个有批准文号），其中标准制剂27个，非标准制剂7个（双奇颗粒、氯柳酊、复方烧伤酊、复方化痔丸、复方痔疮栓、复方柴胡袋泡茶、复方肉桂袋），临时制剂7个（氯麻鼻用凝胶剂、兰草洗剂、尿素硅油软膏、小儿康肤膏Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ号），2008年产值300万。
面临着医院制剂逐步萎缩的现状，为了求生存、求发展，必须对原有制剂进行重大的结构调整，积极进行纯中药非标制剂的研发，有（1）芪芩胶囊，已完成临床前的所有研究工作并已通过总后的资料审核，现正在进行中试产品的检验，预计近期将获得非标制剂的批准文号；（2）复方决明子胶囊，已完成临床前的所有研究工作并已通过总后的资料审核，现正在进行中试；（3）六味参苓颗粒（抗疲劳颗粒），已完成全面系统的临床前研究工作资料上报审核。同时，发放临床调查量表1675份，收回有效量表1411份。可有效改善长期作业所引起的体力疲劳和精神疲劳症状。（4）麻黄发表颗粒，其处方为304医院中医科高飞主任多年的临床经验方，在治疗风寒感冒、退热止咳中有独特疗效，通过和多家科研机构的竞争现由我院开发协定处方，已完成制剂的中试生产和包装设计，近期将在我院儿科、中医科等科室推广使用。营养支持制剂的研发，主要包括六个系列制剂（分别适用于ICU监护患者、癌症患者、骨伤患者、术后患者、肝胆疾病患者的短肽型临床营养制剂，以及短肽型益生菌营养制剂）的申报资料整理、总后药检所的专家答辩、成品制剂的抽检、药品包装的设计、临床应用推广等。目前正在进行适用于ICU监护患者的短肽型肠内营养制剂的数据整理与申报资料撰写工作。
以创新求生存的药学科研平台
药学部随着总医院的发展，药学科研工作有了长足的进步。学科代头人刘丽宏主任积极倡导科研的创新思维、注重科研方向的把握、尤其重视基础工作的积累，从06年至今药学部已获得国家、北京市多项科研基金的资助，近1000万元研究经费。药学部现拥有LC-MS/MS 2台、HPLC 3台、酶联免疫分析仪2台、紫外分光光度计3台、红外分光光度计、薄层扫描仪、滨松光子微孔板发光分析仪、奥林巴斯X71倒置显微镜、精密电子分析天平、冷冻离心机、冷冻干燥机等大中型设备。为药学科研工作奠定了坚实的硬件基础。药学科研工作主要有：
（1）Ⅰ期药物临床试验，06年6月至今已完成12个项目，获得试验经费180万元。多项Ⅰ期药物临床试验的完成，不仅培养了科研队伍试验的技能和工作的规范性，而且发表相关的文章10篇，进一步扩大了药学部在本专业领域的影响。国内Ⅰ期药物临床试验的竞争非常激烈，外地有价格的优势，而北京有多家资深的医院已有多年的积累如协和、北大医院等，为了求发展我们坚持质量第一、确保速度、主动服务的原则，与申办者建立了良好的合作关系，为Ⅰ期专业持续、稳定、长效地发展奠定了基础。
（2）质谱检测中心，目前有2台ABI的设备，已开展中毒药物快速筛查（国内首家）、45个氨基酸的检测、免疫抑制剂FK506的检测、疾病诊断方面的研究等。
（3）抗肿瘤药物敏感性检测，目前已建立成熟的方法用于临床抗肿瘤药物的筛选。
（4）药物代谢基因多态性的研究平台，目前已建立了FK506、丙戊酸钠、华发林的代谢基因的检测方法，正在探索抗肿瘤药物代谢基因的检测方法。
学科发展规划
（1）在学科建设方面，充分发挥临床药理的学科优势，在我院搭建临床医学及药学学科共同发展的桥梁，向临床介绍药学学科的发展情况特别是新药研发状况、合理用药知识和理论基础、药物临床试验研究和评价的标准及新方法等，推动二炮总医院药物临床试验研究和评价工作整体水平的提高。
（2）加强与院内外和国内外的各优势学科之间的相互交流协作，加强自身素质的培养，完善各项临床试验标准操作规程、规范和管理制度，完善各种科研、临床试验及药物分析所必需的各种仪器配备。
（3）不断加强学科人才建设，倡导尊重科学、精益求精、团结协作、共同努力，为建设一流的医院药学部、为医院药学的发展而努力工作。
布谷医生
