眼科于1959年10月建科，是成立最早的科室之一，编制床位20张。1984年批准为硕士学位授权学科，1986年7月编设眼科学教研室，2003年批准为博士学位授权学科。现开设床位19张，各类人员16名，其中高级职务4名。
眼科70年代末80年代初，开展眼球缺损伴结膜囊畸形的整复，研制成义眼座植入和灌注性硅眼座，使眼球缺损得以整复，装上义眼以假乱真。90年代初，积极开展眼眶肿瘤的研究，大胆探索，不断总结，经过十几年攻关，逐渐掌握了眼眶肿瘤的病理生理机理，建立了完整的眼科影像学诊断模式，形成了一套成熟的手术方法，开展了一系列眼眶肿瘤微创手术技术，在同行业中渐露头角，有一定影响和声誉。
眼科近几年，学科发展迅速，医教研取得突出成就，先后3次荣获集体三等功，获上海市卫生系统先进班组等称号。经过长期的积累，目前科室已经形成以眼眶病的诊断和治疗为龙头，以激光乳化白内障手术、近视眼准分子激光治疗和眼底病的诊断与激光治疗为辅的学术发展方向。
眼科自1996年以来共开展课题研究10余项，包括国家自然科学基金3项，上海市科委资助基金3项，基金总额100多万元。近年发表论文100余篇，主编、参编专著10余部。获得上海市医疗成果三等奖1项。积极进行继续医学教育，有4人获得校“A”级教员称号，培养硕士研究生20余人；多次举办全国眼眶病影像学诊断学习班。
眼科全体紧紧围绕"眼眶病诊治中心"这一学科发展中的重中之重，积极开展眼眶病眼眶肿瘤的基础研究及临床诊疗25余年，已形成了以眼眶肿瘤手术治疗学为龙头，以甲状腺等相关眼眶病的综合治疗、眼眶血管畸形的介入治疗、眼眶骨折的修复治疗、眼眶整形美容的手术治疗为特色的学科格局，多头并进，成果丰硕，因而成为颇具影响的眼科特色科室。
眼眶疾病，尤其是眼眶肿瘤，一直就是眼科的疑难重症，不仅损害眼球和视功能，而且还会危及生命。眼眶部位的范围局促、解剖结构的错综复杂，导致临床和影像诊断难度大、手术风险高，稍不注意就可能影响到眼球、视神经、眼外肌和丰富的血管组织，引起视力丧失、外观美容异常等后果。因此眼眶肿瘤的基础研究和临床治疗极其复杂，令人望而生畏，其在国内发展有限，此前在华东地区更是一片空白。令人欣慰的是，长征医院眼科25余来始终盯住眼眶肿瘤不放，通过外学内联，以严谨的科学态度不畏艰险、知难而进、刻苦钻研，在基础研究和临床治疗等方面都相继取得了一系列的突破性成果，从而填补了这一空白，并且形成了以眼眶肿瘤诊断和治疗为主的鲜明特色，使长征医院眼科在国内名声大振、独树一帜，眼眶病的诊断与治疗水平、治愈率、手术数量以及该领域的学术著作均在国内名列前茅。在眼眶疾病领域，我们逐步形成了以眼眶肿瘤的手术治疗为龙头重点，以眼眶病的综合治疗、眼眶血管畸形的介入治疗、眼眶骨折的修复治疗、眼眶整形美容的手术治疗为辅助特色的发展格局。
眼眶病诊治中心现拥有全套最先进的眼眶手术设备、高清晰度手术显微镜以及完备的数码图像放大采集处理系统。依托长征医院雄厚的科研基础、先进的仪器设备资源，我中心在眼眶病影像学诊断、手术学治疗、药物综合治疗等方面的研究拥有得天独厚的优势，在眼眶肿瘤的基因治疗、眼眶血管畸形的介入治疗等眼眶病研究的前沿领域均取得了突破性进展，在眼眶病的影像学诊断、眼眶肿瘤的微损伤手术、眼眶肿瘤手术的视功能保全、眼眶血管畸形的介入治疗、甲状腺相关眼病的综合治疗等领域均达到国内领先甚至国际先进水平。
