北京协和医院内分泌科正式成立于1961年，在著名内分泌学家刘士豪教授的亲自主持下。1978年内分泌科成为独立科室。1981年被国家教委评定为博士点。1988年被批准为卫生部内分泌重点实验室。内分泌科是国家重点学科。内分泌科继承和发展了刘士豪教授开创的内分泌事业，重视临床、教学和科研工作。始终保持全方位的研究方向，是全国内分泌学科中最完整、最全面的科室。
研究方向包括垂体疾病、甲状腺疾病、糖尿病、甲状旁腺疾病及骨质病、肾上腺疾病和性腺疾病等。研究涉及流行病学、临床医学和基础医学各个层面。协和医院内分泌科学术水平一直处于国内领先地位，史轶蘩教授为中国内分泌领域的工程院院士。2002年，东西两院合并重组以来，内分泌科进一步充实和扩大。目前现有在职工作人员81人，其中工程院院士1名，教授7名、副教授7名，主治医师18名，住院医师5名；研究员1名、副研究员4名，主管技师8名、技师2名，中级职称管理人员1名，主管护师9名、护士18名。通过临床和科研培养了大批内分泌专业人才。现已毕业的硕士研究生60余名，博士研究生30余名，他们都成为内分泌研究的骨干。
内分泌科十分重视临床及临床研究工作，在此领域始终处于全国领先的地位。现在东西两院各设内分泌门诊1个，病房2个，病床总数66张。门诊分为上午的普通内分泌门诊和下午的专病门诊，每天约收治病人300多人次。专科门诊包括糖尿病、甲状腺、肾上腺、代谢性骨病、垂体和性腺疾病等6个，直接为临床科研服务。内分泌病房主要收治病情危重和诊断难度较大的病种，功能检查室则开展各种内分泌功能试验，如刺激或抑制试验。2002年成立了北京协和医院垂体疾病诊疗中心、糖尿病中心、肥胖疾病诊治中心，骨代谢疾病诊疗中心等4个医学中心，这些中心在临床、教学和科研工作中也发挥了一定作用。
内分泌科每年在国家及其他刊物上发表论文50余篇，主持或参与国家自然科学基金、国家八六三计划、国家九五及十五攻关课题，北京市以及部院校课题多项。曾获国家科技进步一等奖1次、二等奖2次，还多次荣获卫生部科学技术进步奖，对于推动中国内分泌的发展和进步起到了重要的作用。北京协和医院内分泌科一直参与中华内分泌学分会和糖尿病学分会，北京内分泌学会和糖尿病学会的领导工作。
