北京同仁医院泌尿外科于50年代成立，著名的泌尿外科专家吴阶平教授曾多次来院指导肾上腺疾病的研究工作，指导手术，使泌尿外科学组积累了丰富的经验，取得了一定的成绩。随着医学的发展和社会的需求，1984年正式成立了泌尿外科，在泌尿外科多种疾病的诊断、治疗及学术研究方面得到了进一步发展。目前在腔内泌尿外科方面处于领先水平。拥有先进的钬激光治疗系统，大型体外冲击波碎石等一系列设备，尤其在钬激光碎石、膀胱肿瘤治疗方面具有独创特色。
北京同仁医院泌尿外科1993年在同仁医院成立了北京市泌尿外科会诊中心，该中心荟萃了吴阶平、郭应禄院土等一批国内优秀泌尿外科专家，"中心"为各种疑难病患者提供会诊、检查、治疗、手术等一条龙服务。中心的专家各个身怀绝技，在各自的领域内有很高的威望和丰富的经验，对前列腺、肾上腺、泌尿系肿瘤、尿石症、男性性功能障碍等疾患进行会诊和医疗服务。
拥有的高新技术及特色医疗：
（1）微创手术技术：
a.经尿道膀胱肿瘤电切术、经尿道钬激光膀胱肿瘤切除术
b.经尿道前列腺电切术、经尿道前列腺钬激光切除术
c.腹腔镜肾上腺肿瘤切除术
腹腔镜肾癌根治术
腹腔镜肾盂、输尿管癌根治术
腹腔镜肾盂、输尿管切开取石术
d.腹腔镜前列腺癌根治术
e.经皮肾镜碎石取石术
输尿管镜碎石取石术
体外冲击波碎石
f.软性膀胱镜检查
g.前列腺癌粒子植入术
h.女性压力性尿失禁尿道中段悬吊术
（2）泌尿系肿瘤综合治疗：
a.膀胱癌手术治疗、新辅助化疗、术后辅助化疗：
科室自2003年起采用先进的“正位可控性回肠膀胱术”，使病人术后可以恢复正常排尿，大大提高了患者的生活质量。已经形成了很好社会效益和经济效益。新辅助化疗可以控制局部病变，使肿瘤降期，降低手术难度和消除微转移灶，提高术后远期生存率；辅助化疗可以确保杀死肿瘤切除后残留在体内的癌细胞，使得癌症复发的可能性减小；对于转移性膀胱癌患者，尤其是那些手术无法切除、弥漫性转移病灶者，以及身体情况不宜或不愿接受根治性膀胱切除的患者，也可以行全身系统化疗。以求在进展期癌症中用来消除已经全身扩散的癌细胞，或者延缓疾病的进展。
b.前列腺癌手术治疗、粒子植入放射治疗、内分泌治疗、化疗，腹腔镜前列腺癌根治术，患者痛苦小，恢复快，节省住院费用；粒子植入通过三维治疗计划系统的准确定位，将放射性粒子植入前列腺内，提高前列腺的局部剂量，而减少直肠和膀胱的放射剂量，使一部分患者免于手术痛苦而达到相同的治疗效果；对于复发转移及失去手术机会和高龄患者，内分泌治疗及化疗能够延长患者生命，减轻患者痛苦，提高生活质量。
