药剂科创建于1869年，药剂科现有主任药师5名，副主任药师8名，博士研究生导师1人，硕士研究生导师4人，具有博士学位的5人，硕士学位57名。科室承担着医院医疗、教学、科研所需的各项药学专业服务工作，是国家卫健委临床药师培训基地、浙江省的临床医学重点学科（创新学科）——医院药学（临床药学）建设单位。

药剂科下设临床药学中心、药库、6个调剂药房、3个静脉用药配制中心，其中静脉用药调配中心已覆盖全院68个病区的肠外、化疗、普通输液及全院抗菌药物皮试液的集中配置。

临床药学中心现有专职临床药师12名，专业涉及抗感染、神经内科、心血管内科、呼吸内科、肿瘤内科、重症ICU、儿科、移植、血液内科9个方向。临床药师以患者为中心，以合理用药为己任，与医护人员密切合作，为促进临床安全、有效、经济用药尽药师之力。在药事管理与药物治疗学委员会的领导下，与IT中心、医务部、护理部等部门密切合作，进行门急诊处方和住院病历点评、合理用药分析、专项药物点评（包括国家基本药物、抗菌药物、抗肿瘤药物、辅助用药以及超说明书用药等）以及临床用药动态监测等。同时结合医院临床需求，开设了药师门诊、治疗药物监测、药物基因检测等服务，是首批PCCM咳喘药学服务门诊项目全国示范中心。

药剂科坚持以临床实践中挖掘的科学问题为导向，积极开展学科建设，先后独立主持国家自然科学基金项目20余项，总经费超千万；发表SCI论文近200余篇，编辑出版专著11部，每年举办国家级继续教育项目和全国性会议数次，在全国具有较强的影响力。