浙江省儿童医院消化科的前身是成立于1977年的内科消化组，由已故叶瑞云教授建立。2001年正式成立消化科，经过30余年的努力，使本专业取得了长足发展，目前临床、科研、教学等各项工作均走在全国和全省前列。
消化科由消化专科病房、消化内窥镜室、消化病动力检查室和消化病实验室等组成，拥有45张固定床位。有主任医师6名、副主任医师3名、主治医师5名、硕士生导师2名；医学博士3名，硕士6名，在读博士生1名，另有胃镜室专职护师、、胃肠动力室专职医师、消化实验室专职技师各1名和15名训练有素的护理人员，形成了一支强大的诊疗队伍。
消化科在门诊开设了消化专科门诊、专家咨询门诊、肝炎门诊等特色门诊。还担负诊治、预防和研究小儿消化系统疾病的任务，对省内各县市级医院疑难儿科消化系统疾病患者进行会诊与治疗指导。
儿科消化专业在全国属领先地位，对胃食道反流、慢性胃炎、消化性溃疡、小儿消化道出血、小儿急性腹泻、迁延性慢性腹泻病、溃疡性结肠炎、坏死性小肠结肠炎、小儿慢性腹痛、小儿便秘等小儿胃肠病有一系列成熟的诊断和治疗方案，对婴儿肝炎综合症、婴儿胆汁淤积症、巨细胞病毒性肝炎等常见小儿肝胆疾病及胰腺炎等胰腺疾病能及时诊断和治疗。成功抢救消化道大出血、腹泻合并重度脱水、坏死性小肠结肠炎、重症胰腺炎、溃疡性结肠炎合并巨结肠危象、腹膜炎等重危病儿。在全国最早开展儿童胃肠镜诊断和治疗技术，较早开展消化道动力检查和治疗、开展经口空肠粘膜活检技术、小儿经皮肝穿刺技术、经鼻空肠置管空肠营养术，大大提高了我院消化科小儿消化系统疑难杂症的诊断治疗水平。本专业组曾负责召开并主持全国第一届小儿消化系统疾病学术会议和第一届儿童胃肠动力性疾病学术会议。负责制定全国《小儿慢性胃炎、消化性溃疡的内镜诊断标准》、《小儿纤维胃镜、结肠镜操作常规》、《小儿慢性胃炎、消化性溃疡治疗方案》和《小儿胃食管反流病诊断与治疗方案》。连续10年作为国家继续医学教育点，已培训学员300人。接受来自全国的小儿消化专业进修人员，每年为本省和全国培养小儿消化专科医师10-12名。
在完成儿科诊疗工作同时，积极开展科研工作，近10年来共承担国家自然基金1项、省厅级科研项目10余项，获省厅级奖励5项，发表论文100余篇。积极派遣年轻医师出国深造，使科研与临床与国际接轨。
浙江省儿童医院消化内镜室成立于1985年，是全国最早开展儿童胃肠镜检查的单位。至2008年底已经累计接受儿童胃镜检查20000例次，儿童结肠镜检查4000余例，并接受来自全国的小儿消化内镜进修人员，为本省和全国培养内镜医技人员100余名。 目前消化内镜室已开展的诊疗项目有：1.小儿胃镜检查及内镜下治疗技术：小儿慢性胃炎、幽门螺杆菌相关性慢性胃炎、胆汁反流性胃炎、嗜酸细胞性胃炎的内镜诊断，反流性食道炎、嗜酸细胞性食道炎的内镜检查，上消化道出血、食道裂孔疝，贲门失弛缓症，腹型过敏性紫癜、原发性小肠淋巴管扩展症、上消化道畸形等各种消化道疾病的上消化道内镜检查，并开展上消化道出血的内镜下处理，上消化道异物钳取，上消化道息肉高频电凝摘除，胃扭转复位，食道狭窄扩张，食道静脉曲张的套扎等内镜下治疗。2.小儿结肠镜检查及内镜下治疗：下消化道出血的结肠镜检查（血管性病变，肠息肉等），儿童炎症性肠病，各种结肠炎（如阿米巴肠炎，伪膜性肠炎，过敏性结肠炎，真菌性肠炎，肠结核等）的诊断，术中结肠镜检查，并开展结肠息肉内镜下高频电凝摘除等内镜下治疗。
浙江省儿童医院于1994年6月在全国儿童医院中率先创建胃肠动力室，开展食管动力功能检测、下消化道动力功能测定、动态胃电图监测及胆汁反流监测，对功能性便秘患儿进行了生物反馈治疗，建立了较完整的胃肠动力监测体系。至今已完成食管pH监测6000例、食管动力检查800例、食管胆红素监测300例，下消化道动力功能检测900例。对小儿胃食管反流病、消化性溃疡的病理生理、食管裂孔疝反流和手术抗反流机制、先天性巨结肠和功能性便秘的直肠动力学表现等进行了一系列的研究，对小儿慢性呼吸系统疾病如难治性哮喘、反复肺炎、慢性咳嗽、非心源性胸痛、慢性咽喉炎等与胃食管反流的关系进行了临床诊治评估。在国内外杂志上发表相关论文50余篇，为普及和提高我国小儿胃肠动力性疾病的诊治水平发挥了重要的作用。
浙江省儿童医院消化实验室创于1985年，目前已开展乳糖氢呼气试验、乳果糖氢呼气试验、13C尿素呼气试验、幽门螺杆菌细菌培养等项目。对乳糖不耐受、小肠细菌过度生长、功能性胃肠病、幽门螺杆菌感染等进行了一系列的研究。消化实验室实行以基础研究为主、临床研究为辅的方针，实验负责人为浙江省“151”人才，得到了国家自然科学基金、浙江省自然科学基金、浙江省科技厅“钱江人才计划”等多项基金的资助，在科研上取得较优异的成果。
