浙江省儿童医院心脏外科创建于1981年，至今已有30多年的历史，是浙江省第四批医学重点建设学科、中华医学会小儿外科分会心胸外科学组副组长单位，拥有一支心脏疾病治疗领域的国际化专家团队，现有专科医师17名 其中主任医师5名、副主任医师4名、主治医师6名、住院医师2名。近50%人员具有博士学历，其余均具有硕士学历，骨干人员先后赴美国、德国、加拿大等国际著名心血管科研机构进修深造，具有多年实际临床工作经验。
科室自1981年完成首例先天病体外循环手术以来，手术数量和质量不断提高，目前体外循环心脏手术总量12000余例 ，年开展心脏手术约1000例， 体外循环手术约800例，手术成功率达99% 。最低手术年龄1天，最低体重1000g，体外循环最低体重1.7kg。1岁以下手术占75%左右，新生儿手术占8%左右，复杂先心病占约50%左右。除常规进行动脉导管未闭、房间隔缺损、室间隔缺损等先心病手术外，还率先在省内开展各类新生儿、婴幼儿复杂先天性心脏病手术(包括完全性大血管错位、单心室、完全性房室通道、右室双出口、三尖瓣下移畸形、完全性肺静脉异位引流、永存动脉干、主动脉弓缩窄或中断、纠正型大血管错位、肺动脉闭锁等)各类复杂先心病，其诊疗水平国内一直处于领先地位，部分已达国际先进水平。国内率先开展和建立新生儿室间隔完整型肺动脉闭锁PDA导管支架置入至婴儿后期行室半矫治的镶嵌分期治疗策略,成功开展了肺动脉吊带合并气管狭窄的气管狭窄成形术。为了适应病人对微创手术的要求，开展经右胸微创切口体外循环下室缺房缺修补术，经腋下直切口及听诊三角小切口治疗动脉导管未闭，国内率先开展B超引导下经胸微创伞片封堵治疗先天性心脏病，并首创经左胸肋间超微创切口伞片封堵室间隔缺损及食道超声引导下经股静脉穿刺房间隔缺损封堵术。
科室还承担着浙江大学的教学任务和省内外进修医生的培养任务，目前专业组内有教授5人、博士生导师1名、硕士生导师3名。专业组发表论文300余篇，其中被SCI收录50篇，IM收录10篇，发表在一级杂志中华外科杂志、中华心胸血管外科杂志、中华小儿外科杂志100余篇， 承担国家自然基金5项。省科委、生自然基金及省厅局级等课题50余项，经费5000余万元。
科室现拥有床位47张，并配备护理技术精湛的20名专科护士，80%的护士具有中级职称，术前、术后护理精心细致，具有鲜明的专业特色，既保证护理的质量 又保证患儿的身心健康。
我院是“爱佑基金会”，“浙江省青年发展基金会”，“爱无国际基金会”，“新希望基金会”，“蒲公英爱心妈妈基金”等诸多基金会指定医疗机构，科室每年通过上述基金会救助上百名贫困先心儿童，年均使用救助基金约300万。
