针灸科是南昌市洪都中医院最具有中医特色的诊疗科室之一。在医院的大力支持和发展中，针灸学科实力不断增强，科室不断壮大，现拥有一支经验丰富、医术高超、医德高尚的专家队伍，能够为病友提供优质、特效的医疗服务。科室现有医护人员40余人，其中具有高级职称4人，中级职称及硕士以上学历20余人，省优秀中青年针灸医生2人，南昌市百名优秀医生1人，南昌市青年智库专家1人，是一支具有深厚中医文化底蕴，医术精湛，实力雄厚的优秀团队。2017年科室获批为全国首个临床药品试验基地资质科室，2017年被原国家卫计委评为“2017年度改善医疗服务优质服务岗”、2017年获批为“江西省重点建设专科”。
开展的特色技术：
针法：毫针刺、董针、筋针、腹针、脐针、温针、头针、火针、时间针刺疗法、三棱针放血疗法、刮痧疗法、梅花针、耳针、刺血疗法、平衡针、埋针疗法、埋线减肥；
灸法：长蛇灸、混元灸、热敏灸、温灸盒灸、温灸器灸、热敏灸、身柱灸、核桃灸、麦粒灸、三伏灸（贴）等；
推拿手法：龙氏整脊推拿疗法、罗氏整脊、张氏零度整脊脏腑推拿、脏腑推拿、经络推拿、小儿推拿；盆底整复；
其他特色及物理疗法：火罐、走罐、刺络拔罐、闪罐、药物离子导入治疗、电脑中频治疗、超声波治疗、TDP电磁波治疗等。
治疗的特色病证
痹证：骨质增生、风湿、类风湿、痛风性关节炎、肩周炎、网球肘、腱鞘炎等；
痛证：颈肩腰腿痛、三叉神经痛、坐骨神经痛、颞下颌关节痛、肋间神经痛等；
风证：脑血管意外或脑外伤后遗症、中风偏瘫、面瘫、面肌痉挛、神经衰弱、帕金森综合症等；
其他特色病证：颈源性眩晕、小儿斜颈、小儿抽动、更年期综合征、肥胖、乳腺小叶增生、乳腺结节、亚健康调理等。
2015年根据医院发展，针灸科正式细化学科，成立针灸二科。目前，针灸二科中医特色显著，技术力量雄厚，在北院区共开设病区床位50余张，门诊针灸诊疗室10余个，是江西省中医药大学、江西省中医药高等专科学校针灸临床教学基地，南昌地区中医执业资格考试针灸操作主考点；先后派遣多名针灸专家赴突尼斯、乍得执行国家援外医疗队任务，并有多人次医生派往北京、天津、上海、广州、南京等地进修学习、学术交流，不断提高诊疗技术水平；坚持医疗、教学与科研相结合，在国家级及省级学术期刊上发表论文数几十篇，完成并承担科研课题数项。
以传统中医针灸技术为主体，结合现代医学理论和科研成果，在治疗骨伤、内、外、妇、儿、五官等科疾病中，疗效显著。包括病种有各类型头痛、面瘫、面肌痉挛、颈肩腰腿痛疾病（包括颈椎病、腰椎病、肩周炎、坐骨神经痛）、中风及中风偏瘫后遗症，软组织损伤、月经不调、痛经、前列腺疾病、肥胖症、失眠、慢性鼻炎、慢性支气管炎、慢性胃肠炎、便秘、外伤后引起脑及脊髓病变、小儿脑瘫、风湿及类风湿关节炎、带状疱疹、抑郁症及帕金森综合症、亚健康状态等疑难杂症。诊疗中，坚持辩证施治，采用针刺、艾灸、拔罐、梅花针、三棱针、头皮针、耳针、电针、小针刀、穴位注射、穴位贴敷、穴位埋线、热敷、刮痧、红外照射等综合治疗法，取得了独特的疗效。其中对面瘫、中风专病，采用传统的“一针二灸三汤药”内外兼治，配合石学敏老师创立的“醒脑开窍”法和外敷药物贴穴疗法等治疗方法，达到了缩短疗程，疗效确切的目的；对颈肩腰腿痛疾病，采用针灸、刺络拔罐、针刀等方法；对风湿痹证，采用传统针灸法，以温针、隔姜灸、拔火罐为主，配合穴位注射治疗。
