小儿外科（普外科）成立于1972年，小儿外科为医院重点发展的特色专科，是集医疗、科研、教学为一体的小儿普外和泌尿系统疾病诊疗中心，包括普通外科和泌尿外科、胸外科、新生儿外科四个亚专业。承担国家十一、五科技支撑计划科研课题《严重结构异常筛查、诊断和治疗规范化方案改进的研究》。承担了青海省从出生到18岁未成年外科疑难危重病儿的诊治工作。

小儿普外科专业：在熟练治疗小儿普外科多发病、常见病的诊治工作的同时，在重大出生缺陷疾病及危重症、疑难疾病的救治方面积累了丰富的经验；应用腔镜这一微创技术治疗腹股沟斜疝、鞘膜积液、急性化脓性阑尾炎、腹腔肿瘤、食管裂孔疝，肛门直肠畸形，先天性胆道扩张及各种急腹症取得了良好的效果。

在救治脓毒症、脓毒性休克及重症蛋白丢失性肠病等疑难、危重症方面积累了丰富的临床经验。并且收治主要收治各部位良恶性肿瘤，包括神经母细胞瘤、畸胎瘤、肾母细胞瘤、卵巢肿瘤、睾丸肿瘤以及各种体表肿瘤如血管瘤、淋巴管瘤等。还收治未成年各种软组织感染、外伤（如车祸伤、高处坠落伤）等。

小儿泌尿外科专业：对于小儿外科疾病，特别是对小儿泌尿外科疾病的医疗与研究方面有较高的水平，擅长小儿泌尿系先天性畸形如隐睾、肾积水、尿道下裂、泌尿系肿瘤、泌尿系外伤等疑难疾病的治疗，擅长小儿膀胱镜下尿道瓣膜切除，输尿管逆行插管，输尿管囊肿切开等手术。积极参与尿道下裂规范化治疗模式的建立。主持并参与十多项“三新”业务的立项、引进和开展。

小儿新生儿外科专业：在新生儿先天畸形及急腹症疾病诊断及治疗有较高水平，擅长诊治食道闭锁、食道裂孔疝、先天性膈疝、腹裂、脐膨出、十二指肠闭锁、环状胰腺、幽门肥厚、先天性肠旋转不良、肠道闭锁、先天性巨结肠、先天性肛门直肠畸形等。完成并成功救治先天性食道闭锁-气管食管瘘、十二指肠闭锁、肠闭锁等严重结构缺陷疾病。

小儿胸外科收治先天性食道闭锁、膈疝、食管裂孔疝、膈彭升、漏斗胸、肺及纵膈肿瘤以及胸腔感染（脓胸）等。

科室现有主任医师2人，主治医师6人、住院医师2人，专科护士17人，形成了合理的人才梯队结构。