中医科是以擅长中西医结合治疗疑难病症为特点的特色学科。是2007年度获得首批卫生部、国家中医药局授牌的全国综合医院中医药工作示范单位。同年该科还获得国家食品药品监督局批准成为国家药物临床试验机构中医消化专业。

中医科有4个亚专科：分别是： 中医消化脾胃专科中医风湿免疫病痹症专科 中医内分泌与心脑血管专科 中医肾病男科与泌尿病专科

这里荟萃近20位具有高级职称的临床经验丰富、技术水平突出的专家，1名为享受国务院特殊津贴的我国第一代中西医结合名专家， 6名获得江苏省名中西医结合专家或名中医称号，有全国名老中医学术继承人1名，博士学位者4名。有12名专家任各级学会副主任委员或常务委员以上职务。2007年江苏省政府和卫生厅在全省遴选出3名中医药领军人才，该科学科带头人魏睦新教授入选。2012年该科丁炜博士和谢立群博士，分别入选全国和江苏省优秀中医临床人才研修项目。 选择医生是您的权利，相信在这众多的专家中，一定能选到您满意的大夫。该科秉承“德术并举,病人至上”的服务理念，开设具有中医特色的专家、专科门诊，发挥传统医学的优势，为大家提供量身定制，辨证论治的个体化医疗服务.　科室注重医护人员的医德医风素质的培养，技术上精益求精，赢得了大家的信任，平均日门诊量达1300人次，居全国综合医院中医内科之首位。该科擅长治疗各科疑难杂症,如胃肠癌前期病变的中医逆转，,风湿、免疫病,肿瘤调治,内分泌疾病的中医调理和并发症预防，不孕不育等泌尿生殖疾病,心脑血管疾病,中医美容。如果您的疾患，单独西医或在中医专科医院治疗效果欠佳，该科愿意与您携手，中西医结合战胜病魔，恢复健康。

作为医科大学附属医院中医科，与一般医院中医科的最大区别在于：该科是临床，教学，科研一体化的学科。该科是南京医科大学十二五期间中医内科重点学刊。南京医科大学中西医结合研究所的挂靠单位。门诊之外，该科的专家还在从事一流的科学研究，和高水准的教学工作。有2名博士生导师：魏睦新教授（消化内科方向）和张前德教授（南京中医药大学兼职博导）。该科还特聘3名国外客座教授指导医疗教学和研究工作，他们是：国际著名学者日本HIPEP研究所轩原清所长（首席科学家）, 日本名古屋大学病理内科教授成濑达博士, 日本国立生理学研究所，战略研究部纳米形态研究室的村上政隆教授。在科研方面，承担、完成了国家自然基金、省自然基金课题和多项国际合作科研课题。荣获市、省级科研成果10项。教学方面该科是南京医科大学重点学科，硕士生培养点。医科大学中西医结合学系挂靠在该科，承担了博士、硕士研究生，本科生和外国留学生的中医理论和实践教学任务。

为适应社会大众对医疗技术和医疗服务高层次高水平的需要，更好地为患者服务，中医科先后引进中药离子喷雾治疗仪，二道胃肠电图仪等各种国内高科技设备仪器多台，使中医科现代临床诊断治疗与传统的辨证论治相结合。