儿科创建于1945年,拥有临床经验丰富的医护工作人员共42人，其中高级职称人员6人、中级职称人员9人、住院医师6人；博士后工作人员3人、医学博士8人、硕士8人。现为江苏省儿科医学创新团队、南京市重点专科与南总儿童肾脏病诊疗中心；也是中华医学会儿童肾脏病学组副组长、江苏医学会儿童肾脏病学组组长、第十届江苏省医学会儿科分会主任委员与中国医师学会儿科医师分会肾脏病专家委员会单位等。从70年代末期率先在国内儿科开展肾穿刺活检并带动了整个医教研内科工作。目前儿科实行全科医疗，专业发展主攻方向－－儿童肾脏病与儿童重症监护；同步发展儿童呼吸道疾病、消化道疾病、新生儿疾病、血液肿瘤疾病、风湿免疫病、过敏性疾病、儿童保健、儿童肥胖、矮小症、性早熟、儿童多动症与抽动症及常见疾病的诊治。

儿科专科技术发展主攻方向儿童肾脏是国内最早的儿童肾脏病专科之一，长期致力于小儿肾脏病的临床和科研多次在国内首先报道发现罕见病例（如：脂蛋白肾病弥漫系膜硬化等），肾穿刺活检人数已近10000例次（在国内最多，肾活检最小年龄27天），尤其是在儿童肾脏病的治疗（在国内率先将他克莫司、霉酚酸酯、环孢霉素、双倍剂量雷公藤、大剂量甲基强的松龙与环磷酰胺双冲击利妥昔单抗等在儿童肾病中使用），肾穿刺活检数（260人次/年）、重复肾活检（20例/年），负责国内儿童激素耐药型肾病诊疗方案的修订与急性肾小球肾炎循证指南的制定，参与中国儿童IgAN牛津分类多中心验证研究。在国内医疗网络领域有极高知名度的好大夫网站上，儿科在儿童肾脏病患者满意度排在全国的首位。2011年2月15日中央一套新闻联播报道儿科成功救治了一名69天无尿的急性肾功能不全患儿，创造医学奇迹。2015年南京大学医学院附属金陵医院儿科在治疗小儿肾病方面被评为最好的中国儿科医院。

科研课题与科技成果等方面均处于全国儿科同行的前列，近年来获得中国中西医结合学会科技进步二等奖4项，江苏省新技术引进奖一等奖2项，江苏省新技术引进奖二等奖3项，江苏省科技进步三等奖2项；2011年与2012连续获得国家自然科学基金课题2项、以及国家“十二·五”支撑课题1项、国家科技部“十五”攻关课题。2017年分别获江苏省重点研发计划与江苏省医学创新团队等，课题经费达1000万；在核心期刊发表名家论坛17篇、论文200余篇、SCI论文10余篇（最高影响因子7.9）等。

医院儿科现为南京大学、南京医科大学、东南大学医学院与南方医科大学硕博士研究生招生学科、南京大学医学院附属金陵医院博士后流动站儿科专业招生学科，每年招收硕士1-2名、博士1名及博士后1名，现已培养硕士、博士19名与博士后4名。科室注重年轻医生与医学生的教学和人才的培养，目前儿科教研室是南京大学医学院与南方医科大学儿科学临床教学基地之一，非常重视学科在医疗、教学、科研三方面的均衡发展，学科目前拥有一支经验丰富的临床教学人才梯队。