儿科，创建于1945年，1965年10月部分人员调出组建军区八二医院（儿童医院），1968年10月恢复儿科科室技术力量雄厚，拥有临床经验丰富的医护工作人员共53人，其中高级职称人员7人、博士后工作人员3人、医学博士7人、医学博士7人、硕士4人。从70年代末期率先在国内儿科开展肾穿刺活检并带动了整个医教研内科工作现为全军儿童肾脏病创新研究基地与南总儿童肾脏病诊疗中心。

分两个病区：南京综合部与汤山本部，现有床位100多张，其中汤山本部肾脏病房45张、南京综合部肾脏病房50张、重症监护病房6张。专业发展主攻方向，儿童肾脏病与儿童重症监护。南京军区南京总医院儿科专科技术发展主攻方向儿童肾脏是国内最早的儿童肾脏病专科之一长期致力于小儿肾脏病的临床和科研多次在国内首先报道发现罕见病例（如：脂蛋白肾病弥漫系膜硬化等），肾穿刺活检人数4000多例次（在国内最多，肾活检最小年龄27天）。

尤其是在儿童肾脏疾病及其并发症的治疗方面，制定指导方案在国内进行推广（在国内率先将他克莫司、霉酚酸酯、环孢霉素、双倍剂量雷公藤、大剂量甲基强的松龙与环磷酰胺双冲击利妥昔单抗等在儿童肾病中使用），肾穿刺活检数（260人次／年）、重复肾活检（20例/年）及儿童CRRT1000多次（年龄最小的13个月）。现是全国儿童肾脏学组副组长、全军儿童肾脏学组组长与江苏省儿童肾脏学组组长单位。

负责国内儿童激素耐药型肾病诊疗方案的修订与急性肾小球肾炎循证指南的制定。参与中国儿童IgAN牛津分类多中心验证研究。南京军区南京总医院儿科在儿童肾脏病诊疗水平排在全国的首位。2011年2月15日中央一套新闻联播报道南京军区南京总医院儿科成功救治了一名69天无尿的急性肾功能不全患儿，创造医学奇迹。诊疗水平排在全国的首位。

2011年2月15日中央一套新闻联播报道南京军区南京总医院儿科成功救治了一名69天无尿的急性肾功能不全患儿，创造医学奇迹。科研课题与科技成果等方面均处于全国儿科同行的前列近10来获得全军医疗成果二等奖3项、中华中医药学会科学技术奖二等奖1项、中国中西医结合学会科技进步二等奖1项、江苏省新技术引进一等奖1项、江苏省新技术引进二等奖2项、军队科技进步和医疗成果三等奖9项，江苏省科技进步三等奖2项；国家自然科学基金课题3项。

其2011年与2012连续获得国家自然科学基金课题、国家“十二五”支撑课题1项、国家科技部“十五”攻关课题、中国博士后基金课题、全军“十五”课题、全军“九五”课题、军区“十一五”课题、军区“十二五”课题江苏省自然基金课题各1项及江苏省博士后基金课题2项等；在核心期刊发表名家论坛15篇、论文200余篇、SCI论文10余篇（最高影响因子7.9）等，在核心期刊发表名家论坛15篇、论文200余篇、SCI论文10余篇（最高影响因子7.9）等

南京军区总医院儿科现为南京大学和南方医科大学硕士研究生招生学科、南方医科大学硕士研究生与博士研究生招生学科、南京总医院博士后流动站儿科专业招生学科，每年招收硕士1-2名、博士1名及博士后1名，现已培养硕士、博士19名。科室注重年轻医生与医学生的教学和人才的培养。目前儿科教研室是南京大学医学院与南方医科大学儿科学临床教学基地之一，非常重视学科在医疗、教学、科研三方面的均衡发展，学科目前拥有一支经验丰富的临床教学人才梯队。