眼科创建于1933年，70年来经过几代人不懈的努力，今天已发展成为集医疗、教学、科研为一体的现代化眼科中心。在省内具有领先水平。创造了良好的社会效益和经济效益。目前眼科技术力量雄厚，既拥有临床经验十分丰富的专家，高级职称人员6名，也有在眼科基础与临床上颇有建树的博士2名、硕士6名。设备先进，引进外资，配置了进口手术显微镜、超声乳化仪、玻璃体切割仪、角膜内皮镜、角膜地形图仪、全自动电脑视野计、电生理检查仪、眼底照相机、A/B超诊断仪、倍频激光治疗仪、准分子激光治疗仪等全套眼科检查治疗设备。为临床医疗、科研、教学提供了良好的条件。

眼科对角膜病的治疗始于50年代末期，在全国较早开展了角膜移植手术，治疗各种原发性或继发性角膜病变。使众多患者重见光明。现在不但有完整的角膜检查设备，还有主研角膜病的博士、硕士研究生，每年完成数十例角膜移植手术。单纯角膜移植、角膜移植联合各种复杂的显微手术在眼科中心均常规开展。眼底荧光造影技术是眼科在全国率先开展的，使眼底病的诊断治疗迈上了一个新台阶。目前已积累了丰富的临床经验和资料，结合倍频激光治疗仪的使用在眼底病的诊断和治疗方面取得了很大的成绩，吸引了来自全国各地的患者。眼科是全省第一家开展白内障超声乳化手术技术结合各种国际先进人工晶体植入，无论是数量还是质量是目前均为全国一流水平。经常被邀参加国际学术交流。70年代我科研制出国内最早的玻璃体切割机。现在已拥有最先进的全套玻璃体视网膜手术设备及眼内激光，广泛开展多种复杂玻璃体视网膜手术。在青光眼的早期诊断和手术治疗方面已努力接近国际先进水平，如抗青光眼非穿透性小梁切除术的开展。准分子激光治疗近视眼也是眼科先进设备和技术的一个标志，自1999年9月开展该项技术已使近万人实现摘除眼镜的梦想，取得了良好的疗效。积极开展各种眼部整形和美容手术，使许多病人痛苦而来，满意而去。

眼科采取“请进来，派出去”的方式进行广泛的国际学术交流。在世界上享有盛誉的玻璃体视网膜病专家Dr.Peymen，著名的超声乳化专家Dr.Hany B Grabow,Dr.Robertk.Maloney Dr.Freeman等均来眼科进行交流。国内著名的眼科专家学者如北京医科大学李美玉教授、上海医科大学王文吉教授、谢立信教授、张劲松教授、马志中教授等也常来眼科中心进行交流及指导、手术。眼科中心先后派人去美国、瑞典、德国等国家参加眼科学术会议交流。

作为教学医院、南京大学医学院临床学院及南京大学医学院眼科学硕士点，眼科每年都担负相当数量的教学任务，从大学本科生的眼科授课、实习到研究生的指导，一批又一批的学生从这里踏进了眼科学的殿堂。自1995年起，已先后有4名硕士生从这里毕业，目前在读研究生4名。

在完成临床工作的同时，积极开展科学研究，每年均申报多项院课题，积极申报国家和省级自然科学基金，历年来有多项研究获得医院重点资助。