早在40年代南京大学医学院附属金陵医院就已开展病理工作，1946年11月病理学专家吴在东教授来南京大学医学院附属金陵医院主持病理工作，成立了病理室直至1953年。1953年正式成立病理科，是当时国内医院中最早成立的病理科之一，除承担南京大学医学院附属金陵医院工作外，还承担任南京地区医院的病理检查诊断工作。经过50年的发展和建设，目前病理科已发展成为国内同类医院中规模最大，专业水平较高，同时开展医教研全面工作的病理专业科室。2005年首批成为临床病理中心。

吴在东教授（1905～1983）,中国著名的病理学家，病理科创始人之一。早年留学英国和德国，1937年回国后先后在上海、南京、北京等地执教和工作。为发展中国病理事业做出了杰出的贡献。

“中心”现有工作人员26人，其中博士3人、硕士6人，主任医师4名、副主任医师/技师10名。担任中华病理学会委员，中国电镜学会常委及医学电镜专业组组长，医学科委会委员，病理专业委员会副主任委员，诊断病理专业组组长，江苏省病理学会主任委员，南京病理学会主任委员，《中华病理学杂志》编委，《临床与实验病理学杂志》副主编等。科室现有高分辩透射电镜，进口超薄切片机，多功能电视显微镜，真彩色图像分析仪，原位PCR仪，FISH工作站，免疫组化全自动染色机等设备。

病理科除负责南京大学医学院附属金陵医院全院的常规病理诊断，还解决本市及外地来南京大学医学院附属金陵医院会诊的疑难病理切片的诊断，目前病理科已进行30万例外科病理诊断，26万例细胞学检查，2875多例尸检，28937例电镜检查。目前年外检标本24000例，会诊3000例,细胞学标本30000例，电镜检查1000例。拥有三万例肝穿标本，除各类病毒性肝炎外，还进行了其它各种肝病的研究。主要进行先天性心脏病及动脉粥样硬化，载脂蛋白在心血管病中的作用等项研究。对胃粘膜活检病理诊断，消化道肿瘤病理、胆囊癌、胆囊息肉、腺瘤进行了大量的研究。为国内最早在医院中引进电子显微镜的单位，率先在国内开展电镜诊断，目前能开展各个系统疾病的电镜诊断。采用免疫组织化学、分子病理学等技术，对各种淋巴瘤，胸腺肿瘤进行了深入研究，获得多项重大科研成果。对多发性硬化，各类胶质瘤，脑膜瘤，垂体瘤，进行了病理学研究。病理科长期以来担任大量医学生、研究生、博士后、实习医师和进修医师的培养教育工作。现主管南京大学医学院七年制临床医学生病理学教学。截止2008年共接收来自全国各地的进修医师及技术人员484人。多次举办全国各类学习班。

近二十年先后有15人次去美国、日本、香港学习深造及访问研究。李南云1992年完成了为期3年的中国与日本共同研究课题，应邀在日本新泻“脱髓鞘性脑疾病国际专题研讨会”上作大会论文报告。1997年～1998年黄进去香港中文大学病理学部学习，1997年～1999年间石群立、吴波、李南云、张新华分别应邀到香港访问学习，2001年马捷、马恒辉受香港Lee氏基金资助到香港分别学习1年和半年，2006年石群立到美国Oregon Health and Science University做访问学者半年，2009年王建东到美国斯坦福大学访问学习。先后有包括国际病理学执行主席P.W.Allen教授等十余名国际著名专家来病理科访问。2000年国际著名病理学家陈国璋教授（JKC.Chen）应邀担任病理科名誉教授。