南京市心血管病医院心胸外科成立于1957年，八十年代初开展体外循环下心脏直视手术。1992年3月以来，广泛开展对外学术交流，与美国奥卡拉心脏研究所建立了长期的卓有成效的跨国技术联合，除了常规开展各种食管、肺和纵膈普胸手术、先天性心脏病、心脏多瓣膜病变、冠状动脉搭桥术，还开展了高难度的二次心脏多瓣膜手术、急性心梗急诊、冠状动脉搭桥。冠状动脉搭桥术＋激光心肌打孔，二次冠状动脉搭桥术、冠状动脉搭桥手术同期旅行心脏膜、大血管疾病的升主动脉和主动脉瓣置换。冠状动脉移植、胸主动脉人造血管置换术和人造血管转流术，特别是冠心病的外科治疗方面，根据国人特点，形成一套冠状动脉手术前、中、后完整的治疗体系。2001年起开展了人体心脏移植手术10例，存活率100%。我科广泛开展了多项科研工作。获省、市科技成果奖10余项。自2000年以来在全国核心以及统计源期刊发表论文80余篇，其中SCI 3篇；中华系列15篇。科室从2001年起连续举办七届国家级继续再教育项目，扩大了科室周边地区以及全国的影响力以及知名度。2007年4月，引进著名的美籍韩裔外周血管专家Dr. Sue 并成立外周血管外科。
目前科室分为两个病区,拥有固定床位72张。有职工48人，其中医师23人，包括主任医师2、人副主任医师5人；医师学历层次包括博士后1名、博士4名、硕士研究生10名。护理人员25人、副主任护士1名、主管护师4人、护师9人、护士6人。我科心胸外科技术水平处于全省领先。全国先进水平，2001年10月12日分别补评为省、市级临床重点专科。目前科室拥有心脏大血管博士、硕士授予点。
南京市第一医院心胸外科是江苏省医学重点学科、江苏省临床重点专科、南京市医学重点专科、南京医科大学外科学（胸心外）博士培养点；是卫生部批准的首批心脏移植中心和胸腔镜培训基地。现有高级专业技术职称人员13名，硕、博士24名，床位72张。80年代开展体外循环心脏直视手术，90年代以来与美国奥卡拉心脏研究所和克里夫兰心脏中心建立了长期广泛的技术交流与合作。目前常规开展各种先天性心脏病的矫治手术、各种心脏瓣膜置换和成型手术；在微创心脏搭桥、心脏移植、主动脉瘤和主动脉夹层的急症手术(全弓置换+支架象鼻)、重症心脏多瓣膜手术、梗阻性肥厚性心肌病手术、迷宫手术治疗房颤、ECMO心肺支持等方面更具专科特色，自2007以来每年心血管手术量已超过1000例；完成18例心脏移植手术，首例心脏移植病人已正常存活9年。完成各类心脏搭桥3000余例，成功率达98%以上，能完成卫生部所规定的三甲医院所要求的所有甲、乙类手术。
