心胸外科是南京儿童医院最具特色的专科，自1982年4月进行了第一例低温体外循环下行心内直视手术以来，经过近30年几代人的努力，该科至今已发展成为一个年体外循环心内直视手术数量1200余例、在国内外具有一定知名度的江苏省科教兴卫重点学科，江苏省小儿先天性心脏病中心、江苏省重点小儿心胸外科专科、南京医科大学重点学科。科室现有医护人员52名，其中享受国务院特殊津贴2人，博士生导师及硕士生导师3人，教授主任医师3名、副教授副主任医师4人，具有博士学位5人。中国医师奖、南京市科技功臣、江苏省有突出贡献的中青年专家、南京市有突出贡献的中青年专家、江苏省医学重点人才、江苏省“333”工程培养对象、江苏省“六大人才高峰”培养对象、南京市“213”工程培养对象、南京市拔尖人才、南京市行业学科带头人、南京医科大学重点学科带头人等各级荣誉获得者20余人次。
1987年成为江苏省先天性心脏病外科诊疗基地
1986年起成为南京市重点学科
1994年起迄今一直为江苏省重点医学专科
2001年被评为江苏省135工程重点建设学科
2002年被评为南京医科大学重点学科
2006年被评为江苏省科教兴卫重点学科（135工程重点学科）
2009年成为南京医科大学博士点授予单位
2011年再次荣获江苏省科教兴卫重点学科称号
2011年被定为“江苏省小儿先天性心脏病中心”
建科近30年来已完成各种体外循环心内直视手术20000余例，普胸手术3000余例，总的手术成功率超过98.5%，近5年法洛四联症根治术成功率98.3%。该科对先天性心脏病的手术治疗无论是数量、还是质量都达到省内领先、国内先进水平，特别是本世纪以来婴幼儿新生儿复杂先心心内直视手术方面取得了长足的进步，手术年龄明显下降，婴幼儿手术比例明显上升，已达到国内领先水平。最小手术成功年龄仅为出生17小时的新生儿，最轻体重仅为0.72千克的早产儿。近年来里程碑式的重要突破：在决定手术与否时，完全根据病情需要，而不再考虑极小年龄，极低体重对手术的限制，该技术处于国内领先水平。目前新生儿心脏直视手术居国内领先水平，现已成为常规手术。“小儿心脏移植”是南京市重大科研项目，几年来课题组成员完成了许多实际工作，并于2000年8月成功的进行了江苏省第一例心脏移植，同时也全国儿童医院系统第一例、全国第三例小儿心脏移植手术，已成为国内存活时间最长的儿童心脏移植患者。近10年来心胸外科心脏外科手术总量一直处于江苏省心脏外科首位，保持了江苏省体外循环手术数量最多医院的地位，并且始终位列全国儿童医院心脏外科手术前三名。
近年来在婴幼儿新生儿复杂先心外科治疗技术引进及创新方面做出了卓越的成绩，在国内省内率先开展了四十余项新技术，迄今江苏省所有婴幼儿先心病新的手术方法均为该科开展：完成了包括出生仅17小时患儿在内100余例D-TGA心内直视大动脉调转手术，相继在国内、省内率先开展了产房心脏外科技术、婴幼儿Switch手术、Senning手术、Nikaidouh手术、Fontan手术、新生儿心脏肿瘤摘除、婴幼儿永存动脉干矫治、各种类型的肺静脉异位引流的矫治、室隔完整型肺动脉闭锁矫治、主动脉弓畸形合并心内畸形的I期根治手术、婴幼儿主动脉弓离断、新生儿先心手术术后腹膜透析、单心室解剖矫治、婴幼儿二尖瓣双孔成形术、先心病微创外科手术、先心病镶嵌技术，1.7kg早产儿低体重食道闭锁等高难度手术。Nikaido手术，D-TGA二期Switch手术，Damus-Kaye-Stansel手术，D-TGA合并主动脉狭窄/离断 Swich手术，新生儿无房间隔缺损的三房心心内直视矫治术，婴儿Taussig-Bing病行大动脉调转手术，多种类型的二尖瓣双孔成形术，单肺房坦手术等已属于国内领先技术，特别是婴幼儿Damus－Kaye－Stansel手术、单肺房坦手术在国际上也属于高难技术。
数十年来心胸外科积累了许多临床经验，先后在国内外相关专业杂志发表论文200余篇，参加国际会议交流20余篇。“脉冲式一氧化氮吸入流量控制仪”等项目已获多项国家专利，获省、市、卫生局各种科技进步奖26项，许多技术已填补国内省内空白。其中由莫绪明教授等主持的“小儿法洛四联症的临床及基础研究”及“婴幼儿复杂危重先心病的临床及基础研究”等分别获2005年度江苏省科技进步二等奖及2009年度江苏省科技进步二等奖，目前2个奖项均为江苏省小儿外科及先心病外科的最高奖项。胸心外科目前完成和正在进行的科研项目共有30余项，先后主持了多项国家自然基金、江苏省自然基金、江苏省医学重点人才项目等课题，开展了新生儿小婴儿的早期干预治疗、肺动脉高压的相关研究等。
心胸外科现为南京大学、南京医科大学博士及硕士学位授予点，承担了南京医科大学儿科系本科生、南京大学及南京医科大学儿科系7年制本硕连读研究生的教学任务。该科与美国儿童心脏基金会建立了长期的合作关系，成立了中美儿童先心病中心，美国儿童心脏基金会每年定期派出医疗队来协助开展复杂性先心病的外科治疗，同时，该科在国内领先一步，积极输出技术，帮助越南胡志明市Cho Ray医院开展了小儿心脏外科技术。他们还派出医疗骨干去美国小儿心脏移植中心罗曼琳达大学、波士顿儿童医院、霍普儿童医院、澳大利亚墨尔本皇家儿童医院等地学习复杂先心的外科治疗及小儿心脏移植，并与上述单位建立了院际技术合作及交流关系。多次选派医疗骨干参加在美国、日本、澳大利亚、欧洲、土耳其等举办的国际学术会议，主办了全国中青年先心外科会议等大型学术会议，为科室的进一步快速发展奠定了牢固的基础。
历史回顾
到1983年连续100例心内直视手术无死亡
1986年心内直视手术超过100例/年
1996年心内直视手术超过200例/年，手术患儿体重突破8Kg
1998年小婴儿手术特别是6~8Kg患儿手术成功率明显提高
2000年开始了中美儿童先心病合作计划，首例小儿心脏移植获得成功
2001年新生儿小婴儿复杂先心病心内直视手术取得突破，心内直视手术超过300例/年
2003年心内直视手术超过400例/年
2004年心内直视手术超过500例/年
2006年心内直视手术超过600例/年
2007年心内直视手术超过700例/年
2008年心内直视手术超过800例/年
2010年心内直视手术超过900例/年
2011年心内直视手术超过1000例/年
2012年心内直视手术超过1100例/年
手术年龄逐渐降低：
90年代以来其先心病的手术数量始终处于江苏省内第一的位置，病人来自于全国近30个省份，手术年龄逐年下降，现在3岁以下占78.4%，1岁以下占60.3%，最小手术年龄为出生仅17小时的新生儿，最轻体重仅为0.72千克的早产儿。。近年来，新生儿明显增多。经过20余年的努力，目前已基本解决了年龄体重对手术适应症的影响这一关，完全根据病情需要可在任何年龄对任何体重新生儿进行手术。
高新技术广泛开展：
在复杂性先心外科治疗方面取得了可喜的成绩：完成了100余例TGA手术，开展了D-TGA行Switch手术的个性化治疗。
2001年成功地开展了新生儿先心外科手术，现已成活数百例新生儿。
相继在国内、省内率先开展了复杂先心的Senning手术、Fontan手术，心上型TAPVC的房顶吻合术，心下型TAPVC的改良吻合术，婴幼儿永存动脉干根治术，新生儿心内肿瘤摘除术、腹膜透析术、 IAA/CoA合并心内畸形的I期根治手术，小婴儿DORV矫治术，婴幼儿同种异体带瓣管道应用技术，二尖瓣双孔成形术，先心病镶嵌手术等。
诸多技术国内先进省内领先，能开展诸多复杂手术：
小儿原位心脏移植手术
早产儿先心外科心内直视手术
新生儿婴儿大动脉错位Switch等个性化手术
婴幼儿二尖瓣双孔成形术
心上型TAPVC的经房顶吻合术
心下型TAPVC的改良吻合术
婴幼儿永存动脉干根治术
新生儿心内肿瘤摘除术
IAA/CoA合并心内畸形I期根治手术
完全性房室间隔优化矫治技术
婴幼儿同种异体带瓣管道应用技术
深低温低流量/停循环的临床应用
先心病微创外科手术
单心室手术
Damus－Kaye－Stansel手术
单侧房缺手术
Damus－Kaye－Stansel手术
单肺Fontan手术
先心病镶嵌技术
拥有良好的硬件设施：
现有普通病床98张，有胸心外科专用ICU病房22张床位
配有进口中央控制系统的生命监护仪、呼吸机等。有专用手术室2间，镶嵌手术室1间，配有全套进口手术相关设备及电视摄像系统、人工心肺机等先进没备。
为专科服务的大型设备包括多台三维彩色多普勒超声诊断仪、日本东芝大C臂DSA X线摄像机等。
拥有较强的科研能力：
现有在研省市级科研项目10项
结题并通过鉴定项目26项
获省市科技奖22项
近5年共发表论文150余篇，其中SCI收录15篇，中华级21篇
获发明专利3项，实用新型2项。
