呼吸科是江苏省临床重点科室、南京医科大学硕士研究生点，中华医学会儿科分会呼吸学组委员、江苏省儿科分会呼吸学组组长及南京市儿科分会主任委员所在单位。现有主任医师4名，副主任医师7名，硕士生导师4名，博士生6名，硕士生19名，临床及科研力量雄厚。
80年代初呼吸科就开设了哮喘专科门诊，在哮喘的诊断和治疗方面一直与国际接轨，是中华医学会呼吸分会指定的健康呼吸中心。每年举办儿童哮喘夏令营、全国性呼吸继续教育学习班，在哮喘的诊断和治疗方面具有丰富的临床经验。2006年建立了“过敏性疾病特异性免疫治疗中心”，采用国际标准化过敏原疫苗进行脱敏治疗，临床疗效显著，为哮喘的防治提供了新的手段,2010年被任命为国际标准化脱敏中心。
技术优势与特色：
肺炎及肺部弥漫性疾病的诊断和治疗一直是呼吸科的重点工作，每年治疗、抢救多例重症肺炎患者，具有丰富的临床经验。为提高小儿肺炎治愈率，降低病死率，开展了一系列肺炎病原学检测工作，在国内最早报告小儿军团菌感染，在省内最先分离出RSV和腺病毒以及开展巨细胞病毒的检测和研究，并应用于临床，近5年来开展了肺炎支原体、衣原体及多种病毒病原学检测，为肺炎早期诊断及合理应用抗生素提供了依据。
80年代在国内率先开展儿童肺结核短程化疗。每周均有结核病会诊，结核门诊随访病儿达3万人次，在儿童结核的诊断及治疗方面走在全省儿科的前列。科室拥有亚洲第一台的婴幼儿体描仪和ISO肺功能仪，能开展从新生儿起各年龄段的肺功能检查。拥有儿童胃食道PH测定仪，慢性咳嗽诊断提供了新的手段。
呼吸科率先在省内开展儿童纤维支气管镜检查术，拥有多种型号的儿童纤维支气管镜及电子支气管镜，已安全地为数千名从新生儿起各年龄组患儿进行了纤支镜术，为儿童难治性肺部疾病的诊断及治疗提供了新的手段。同时还开展经支气管镜下的冷冻治疗和氩气刀治疗。
科研教学：
近10年来，获得省厅级新技术引进二等奖3项、市科技进步奖1项、市卫生局新技术引进一等奖1项、市卫生局科技进步奖6项，南京医科大学优秀科技成果二等奖。主持国家自然科学基金3项及多项省市级科研项目。
