南京市中医院男科以南京中医药大学男科研究所、南京中医药大学男科学教研室为班底成立。南京中医药大学外科学男科专业一直享誉海内外。徐福松教授为当代中医男科学创始人和奠基人之一，著名中医男科学家。我国第一位中医男科学博士生导师，我国第一位中医男科学博士后指导老师。

在徐福松教授的带领下，南京中医药大学男科专业一直在良性发展，男科?队伍一直在?国男科界占有举足轻重的地位。现学科带头人金保方，我国第一位中西医结合男科学博士后，现为江苏省"青蓝工程"学科带头人培养对象，江苏省人民医院生殖中心特聘专家，并在全国和全省多个学术组织中担任职务。

南京市中医院男科现为南京中医药大学男科学硕、博士研究生培养点，男科博士后培养点，中西医结合生殖医学专业临床基地。现有专业人员7名，其中教授/主任医师3名，博士研究生导师2名，硕士研究生导师1名，有博士学位1名，在读博士1名，硕士研究生学历2名。

南京市中医院男科现开展的项目有：不育不孕症、慢性?列腺炎、 性功能障碍、精囊疾病、男性更年期综合症以及其他男科杂病的诊治，并与江苏省人民医院生殖中心合作，开展辅助生殖的中西医结合药物干预治疗，对无精子症、严重少弱畸精症以及妇科慢性盆腔炎、输卵管积水、卵巢早衰、子宫内膜过薄等有较好的临床疗效，在中西医结合助着床及保胎方面也也积累了一定的临床经验。

南京市中医院男科的另一大优势项目为性心理的咨询与调节，由我国著名医学心理学家、南京中医药大学医学心理学专业博士生导师杜文东教授亲自坐诊，开展性功能障碍、慢性前列腺病、不育症等方面的心理咨询及治疗。