神经内科是南京脑科医院的特色学科之一，始建于1947年，最初设有病床10张，1952年神经内科病房正式建立，共设床位34张，为国内最早建立神经内科和开设神经病学课程的单位之一。国内第一例气脑造影术以及第一台脑电图机的使用均在我院神经内科首开先河；国内第一本神经病学教材由我院程玉麐教授撰写；多种神经内科疾病的诊治(如黑朦性痴呆、格林-巴利综合征等)均由我科领国内同行之先。建科初期，在我国神经病学奠基人之一、著名神经病学家王慰曾教授的带领下，神经内科即以先进的设备和精湛的技术成为国家神经病学重要临床及教学基地，先后成为国家卫生部神经病学高级师资研修班及江苏省卫生厅神经病学进修培训基地，为我国培养了数以千计的神经病学专业人才，他们现多为我国神经病学界的精英。

目前，神经内科是南京医科大学神经病学博士学位授予点、博士后工作站；南京医科大学、南京大学硕士学位授予点；卫生部神经病学专科医师培训基地及首批临床路径试点单位；国家神经内科临床药理基地；江苏省临床重点专科；卫生部脑卒中医疗质量控制中心江苏省分中心与江苏省神经内科专业医疗质量控制中心；江苏省卫生厅神经病学进修培训基地。

经过多年发展，神经内科已形成了临床、科研、教学齐头并进，分学科专科化突破，以特色专科带动全学科发展，以规范化诊疗为基础提高医疗工作质量等特色优势。神经内科在常见神经系统疾病的诊断与治疗如急慢性脑血管病、癫痫、帕金森病、头痛、神经肌肉病、重症肌无力、多发性硬化和神经症等方面具有极丰富的临床经验。临床方面基本功扎实，总体实力强，特别在处理和解决疑难杂症方面处于国内领先地位。其特色专病门诊有：脑血管病门诊；癫痫门诊；肌张力障碍门诊；头痛门诊；帕金森病和老年痴呆门诊；神经肌肉病专科门诊等，为患者提供脑卒中(中风)、头晕头痛的诊断、治疗(包括血管内介入支架置入)与预防；癫痫特别是难治性癫痫的诊断治疗与手术前评估；帕金森病诊断治疗与手术前评估；认知障碍、运动神经元疾病、脊髓病变等疾病的诊断与治疗；多发性硬化等脱髓鞘疾病的诊断治疗与预防；肌张力障碍的诊断分类与治疗，包括肉毒素治疗面、颈部肌张力障碍等。

在新一轮的学科建设中，神经内科拥有临床床位192张，年收治病人6000人以上，门诊就诊病人达35万人次，成为江苏省规模最大的综合神经专科。专业方向发展符合国家重大疾病研究的需求，诊治了大量的神经内科疑难杂症，为下级各医院培养了数百名神经内科骨干医生。科室承担医科大学本科生、进修医生和研究生的教学工作，内容为理论和临床实习两部分。每年都举办国家级继续教育学习班，有脑血管病学习班；脑电图和癫痫诊疗进展学习班；帕金森病肌张力障碍学习班；认知障碍与老年痴呆学习班等。

近年来，科室在学科带头人王小姗教授的带领下，团结协作，获得多项国家、省及市、厅级科研项目的资助，取得了令人瞩目的成绩。科室基本形成了科研指导并支持临床医疗实践，临床医疗实践促进科研进步的良性发展环境，以高水平的专业队伍与技术为广大患者提供温馨、耐心、细心的服务。