南京脑科医院儿童心理卫生研究中心成立于1984年，其前身南京脑科医院儿童精神科成立于1978年, 是我国第一所儿童心理卫生专业机构。1986年被世界卫生组织聘任为“世界卫生组织儿童心理卫生科研和培训合作中心”，至2011年已连续七次被聘任为世界卫生组织的合作中心。1988年起被国家卫生部任命为中国儿童心理卫生指导中心，是卫生部儿童心理卫生专业人员培训基地。
目前儿童中心主要由三个部分组成：儿童心理卫生门诊、儿童康复部、儿童精神科住院部。儿童心理卫生门诊中开设了儿童心理卫生普通门诊、专家门诊、儿童心理咨询和心理治疗门诊。儿童康复部内设有儿童少年心理评估室、儿童孤独症行为和教育干预中心、感觉统合训练室、脑功能生物反馈治疗室、微量生物电治疗室、儿童潜能开发训练室。儿童精神科住院部为半开放式病房，分别有家庭式病房和集体病房，融医院、学校、家庭模式为一体。科室技术力量雄厚，拥有一支医学素质优良、业务训练有素、朝气蓬勃奋发向上的和谐医护团队。
中心是中华医学会儿童精神医学学组副主任委员、中国心理学会科普工作委员会副主任委员、中国心理卫生协会儿童、青少年专业委员会委员、江苏省心理学会医学心理学专业委员会副主任委员、江苏省心理学会常务理事，也是精神病学、应用心理学硕士点，博士后工作站。
中心在各种儿童心理、行为及情绪障碍的临床诊治上积累了大量的病例和丰富的经验，多项诊治水平居国内领先地位。目前是江苏省儿童心理行为障碍诊疗中心、南京市儿童心理临床重点专科以及江苏省临床心理重点专科、江苏省精神病学重点学科、国家精神病学临床重点专科的亚专科之一。
特色服务
儿童少年心理发育评估室
提供全面而专业的各项儿童、青少年心理评估，包括智力测验、儿童发育水平测验、儿童个性测验、气质测验、情绪及精神症状评定、学习能力测验、注意力水平测验、多动症诊断性评估、孤独症诊断性评估及疗效评估等。
儿童青少年心理咨询及心理治疗
中心拥有具有专业水准的儿童青少年心理治疗师7名，给儿童及其养育者提供各种心理治疗，如认知行为治疗、家庭治疗、游戏治疗、团体心理治疗等。
儿童孤独症行为与教育干预中心
国内最早的孤独症干预中心，现提供针对孩子的一对一“ABA”训练、语言训练、动作协调性训练、认知训练、生活技能训练、社会交往技能训练等，以及针对家长的团体辅导。
儿童精神科半开放式病区
作为国内最早的专业的儿童精神科病房，主要收治各种儿童精神分裂症、情感障碍、网络成瘾、情绪障碍、孤独症、抽动障碍、强迫症、进食障碍、脑器质性精神病等。采用了发展与治疗并重综合性干预模式，除了医护人员外还配有专业的教师，提供有系统的抗精神病药物治疗、心理治疗、作业疗法、文体训练、工娱治疗、运动治疗、脑生物反馈治疗等服务。
