肝胆外科中心分为肝胆外科一中心和肝胆外科二中心。
肝胆外科一中心：
肝胆外科一中心,是该院重点发展专科，下辖2个病区，共计床位100张，医师22人,护士36人,其中主任医师2人，副主任医师3人,主治医师5人，博士6人,硕士13人。科室聘请我国“肝脏外科奠基人”、“肝脏外科之父”吴孟超院士为指导教授，拥有先进的一体化手术室，Valleylab FROCETRIADTM能量平台，超声切割止血刀、肝脏储备功能检测仪、术中超声、术中胆道成像、腹腔镜等先进的医疗设备。主攻方向为肝病基础上的肝脏肿瘤切除、巨大肝肿瘤切除、困难部位肿瘤切除、肝硬化门脉高压外科治疗、复杂胆道手术、胰腺肿瘤的手术治疗及腹腔镜肝胆外科手术。对肝病基础上的肝胆外科疾病围手术期处理具有丰富经验。科室学科带头人为安徽医科大学、福建医科大学、军医进修学院硕士生导师，承担该院有关肝、胆、胰、脾方面的医疗、教学及保健任务。
科室秉承以病人为中心，以医疗为主体，以服务为基础，尽心竭力，满足病人的需求,贯彻“关爱生命、关心病人、关注质量”理念，努力做到“低成本、高效率、高质量”，做维护人民健康的忠诚卫士。
肝脏外科：科室开展了各种肝切除术式治疗肝肿瘤，尤其是以手术切除为主的综合与序贯治疗巨大肝肿瘤和中晚期肝肿瘤，大大提高了恶性肿瘤患者的治愈率和生存率；开展了高难度的特大肝癌切除、中肝叶巨大肝肿瘤切除、肝尾状叶切除，左、右肝三叶的极量肝切除，利用半肝入肝血流阻断技术、原位切肝技术、肝门不阻断切肝等技术，提高了肝切除的精确性和安全性。在巨大肝癌、特大血管瘤和伴肝硬化门脉高压症肝癌切除等方面技术，达到国内先进水平。
肝硬化门静脉高压外科：开展了各种门脉高压症的治疗术式，包括脾切除、贲门周围血管离断术、改良Sugiura联合断流术；近端、远端脾肾分流，肠腔分流、门腔分流等各种分流手术；分流+断流联合手术；内镜下套扎、硬化剂、组织胶等治疗；TIPSS介入等治疗方式，取得确切疗效。是近年来国内门静脉高压症手术量最多的科室。
胆道外科：开展了对胆石症和胆管癌的各种术式治疗，包括肝叶切除和胆肠吻合术联合应用治疗多发性肝内胆管结石和多次反复手术的复杂型肝胆管结石，并采用纤维胆道镜取石等方法，降低了结石残留率。肝门部胆管癌治疗方面开展了联合肝切除+肝门部脉管骨骼化淋巴链清扫术，疗效确切，达国内先进水平。
腹腔镜微创外科：开展了腹腔镜胆囊切除术、腹腔镜下胆总管切开取石术、腹腔镜肝癌切除术、腹腔镜肝囊肿开窗术、腹腔镜阑尾切除术、腔镜下甲状腺肿瘤切除等微创手术，腹腔镜微创外科居国内先进水平。并率先在国内开展4种复杂肝胆外科腹腔镜手术：腹腔镜肝脾联合切除、手助腹腔镜改良sugiura术联合断流治疗肝硬化门脉高压症、腹腔镜巨大肝肿瘤切除、免T管腹腔镜辅助左肝切除治疗肝内外胆管结石。
胰腺外科：开展了十二指肠乳头癌、胆管下端癌、胰头癌根治术，胰十二指肠切除术、胰体尾切除术及保留脾的胰体尾切除术、巨大胰腺囊腺瘤、囊腺癌切除、胰腺钩突部胰岛细胞瘤切除等术式，取得良好疗效。对急慢性胰腺炎所致假性胰腺囊肿、胰源性门脉高压症的处理有丰富经验。
肝胆外科二中心：
肝胆外科二中心/肝移植研究中心下设移植外科，移植内科2个临床科室和1个基础研究室，主攻方向为终末期肝病的原位肝移植、辅助性肝移植、活体肝移植、劈离式肝移植、肝细胞移植、移植前后内科治疗和随访、移植术后原发性疾病复发病人的规范治疗，以及肝脏肿瘤的精准肝切除、微创射频的诊断、治疗与研究。移植外科现有床位50张，移植内科45张，设有专家门诊、29诊室外科门诊、27诊室内科门诊等。中心设备先进，技术力量雄厚，拥有一支年富力强、团结向上、业务技术国内领先的医疗护理队伍，医生22人，其中40％具有医学博士学位，50％为医学硕士，护士中70％以上具有大专以上学历。科室秉承“团结、友爱、和谐、发展”的理念，强调以人为本全心全意为病人服务的新理念，综合诊治水平处于国内领先地位。
移植外科涵盖肝胆外科和移植治疗范畴，包括终末期肝病的原位肝移植、辅助性肝移植、活体肝移植以及劈离式肝移植等国内领先的移植外科技术，同时包括门脉高压手术治疗、肝脏肿瘤的精准肝切除技术和微创射频治疗技术。建立了规范的肝移植术后随访机制和平台，为提高肝移植患者的生存质量提供了可靠保障。2005年来共行肝移植术400余例，手术成功率高达100%，一年期存活率97.5% 居国内领先水平。
移植内科从事移植前各种终末期肝病包括各型肝炎肝硬化、肝癌及各种终末期肝病合并腹水、腹膜炎、消化道出血、肝性脑病的诊治，对失代偿丙型肝炎肝硬化的抗病毒治疗是科室的学术特色之一。能够动态量化判断各种晚期肝病的病情转归，做出及时准确的预警，为肝移植时机的确定提供科学依据。在此基础上，对肝移植术后各种疾病的诊治包括乙、丙肝复发、肿瘤复发，中国人肝移植后抗排斥药合理应用等制定了一整套行之有效的治疗措施，为提高肝移植患者术后长期生存率提供了可靠保障。近年来开展肝细胞移植，能够在供肝短缺的情况下为终末期肝病患者肝移植提供桥梁和替代治疗。
移植研究室拥有先进、完善的科研设备和优秀的科研人才，在科研实践中坚持“科研为临床，临床促科研”的理念，自觉开展转化医学研究，努力将科研成果服务于临床，构建了肝移植基础与干细胞临床应用研究平台，建立了肝移植临床标本库和电子数据库，在移植免疫、免疫病理和干细胞治疗方面积累较多经验。
布谷医生
