1958年，新华医院建院之时由我国著名呼吸病专家朱尔梅教授创建肺科病房及由何致雄教授创建呼吸内科病房，主要收治肺结核和其它常见呼吸系统疾病的患者。主要开展人工气胸、人工气腹、支气管碘油造影等诊断治疗项目，朱尔梅教授首创的气管内滴入疗法治疗肺结核空洞对我国肺结核治疗做出了重大贡献。60年代初开展了支气管镜检查及肺功能检测。80、90年代呼吸内科继续加强常见病、多发病以及疑难危重症的诊治。进入21世纪，呼吸内科主要专业方向为：哮喘和慢性阻塞性肺疾病的规范化诊治、肺栓塞及其他肺血管病的诊治、呼吸危重症救治、睡眠呼吸障碍诊治、慢阻肺的营养代谢、肺癌影像学诊断等。同时不断拓展临床诊断治疗水平，CT/B超引导下经皮肺穿刺、胸膜活检、经支气管镜肺活检（TBLB）、超声支气管镜检查（EBUS）、气道介入治疗（支架、圈套、高频电凝电切、氩气凝固治疗等）。

呼吸内科现有医疗技术人员总数56人。医师20人，其中博士生导师2人，硕士生导师3人；主任医师4名，副主任医师3名，主治医师9人，住院医师4人； 技术人员4人，其中主管技师2人，技师2人。

呼吸内科床位72张，设呼吸一病区和呼吸重症监护病区（10张床位）。设有慢性阻塞性肺疾病（COPD）、哮喘、呼吸危重症、肺栓塞及肺血管病、睡眠呼吸障碍、肺部感染、肺癌、肺间质病、介入呼吸病学等9个亚专业，每个专业方向均有相对独立的技术队伍。

呼吸内科在慢性阻塞性肺疾病、支气管哮喘、肺栓塞及肺血管病、睡眠呼吸障碍、呼吸危重症等领域的临床诊治和相关研究具有很强的专业特色。常规开展肺功能检测、呼出气NO检测、气道高反应测定、CT/B超引导下经皮肺穿刺、经支气管镜肺活检（TBLB）、支气管肺泡灌洗（BAL）、超声支气管镜下肺结节和纵膈淋巴结活检、虚拟导航联合EBUS-GS肺结节穿刺活检、荧光支气管镜下组织活检、气道介入治疗（支架、圈套、高频电凝电切、氩气凝固治疗等）、睡眠呼吸监测。每年出院人次达2500人以上，门诊量近11万人次，肺功能检测12000余人次，支气管镜检查近2500人次，其中支气管镜介入治疗300人次以上，睡眠检测1200余人次。同时，呼吸内科在肺部疑难罕见病的诊治方面经验丰富，30余年来，诊断和治疗罕见病、少见病200余例，例如BALT淋巴瘤、肺淋巴管平滑肌瘤病、先天性支气管闭锁、复发性多软骨炎、淋巴上皮瘤样癌、支气管色素沉着纤维化等疾病，并发表相关中英文论著40余篇。

新华医院呼吸内科为上海交通大学医学院哮喘临床诊治中心，呼吸内科科主任郭雪君教授作为国内知名的支气管哮喘病诊治领域的专家，在支气管哮喘的基础研究及临床科研方面具有较深造诣。呼吸内科重点发展方向为：支气管哮喘和慢性阻塞性肺疾病（COPD）规范化诊治、肺栓塞及其他肺血管疾病诊治、呼吸危重病救治、成人及儿童睡眠呼吸障碍诊治、肺部耐药菌感染诊治、肺癌影像学诊断等。开设支气管哮喘、慢性阻塞性肺疾病、睡眠呼吸障碍、肺结节等专病门诊，并与心胸外科、放射科、病理科、血管介入科等相关科室开展MDT联合门诊（例如肺部结节、肺部肿瘤等）。

2010年以来呼吸内科不断加强学科建设，注重人才培养，同时增强国内、国际间的学术合作，组织主办了多次的国际论坛、康复专委会年会以及市内大型义诊活动（例世界哮喘日、世界COPD日、睡眠日等），从而增加了科室的社会影响力。

呼吸内科积极参与国际多中心的药物临床研究，涉及抗菌素、支气管扩张剂、肺癌检测技术等方面。同时积极申请并取得多项省部级及局级临床研究项目，包括支气管哮喘、肺部结节、慢性阻塞性肺疾病等疾病方面。