上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心心脏中心，是国家重点学科、国家“211工程”重点建设学科、上海市临床医学中心“重中之重”建设单位、上海市医学领先学科和上海市医学重点学科。上海儿童医学中心心脏中心的前身是在上海新华医院小儿心内外科基础上建设发展起来的。早在上世纪七十年代初，丁文祥教授等老一辈专家在我国率先创建了小儿心血管学科，经过几代人的努力已经成为国内最具规模、国际上有着重要影响力的儿童先心病诊治中心。
目前心外科直视手术例数超过3700例/年（<16岁），心导管介入手术超过1500例/年，成为全球医院中实施心外科手术、心导管术和介入治疗数量最多的单位之一。科室拥有外科、体外、监护、护理各专业完整的品牌团队，团队拥有副高以上医护人员21名，博士生导师4名，硕士生导师13名。学科始终以新生儿、复杂型先天性心脏病、微创胸外手术、微创心脏手术为主攻方向，开展婴幼儿各种复杂先天性心脏病手术治疗。本学科自建立以来始终把先进医疗关键技术的突破放在优先发展地位，在国内率先开展大血管转位手术、双调转手术、全反心手术、先心病合并气道狭窄一期纠治手术等。目前复杂先心病及1岁以内先心病手术量占比超过60%。最小年龄为出生2小时，创下国内最低体重、最小年龄的双项手术纪录。手术总成功率大于98%，每年施行功能性单心室分期外科手术超过200例，40余年来已施行先天性心脏病手术50000余例，位于世界儿童医院先心病年手术例数之首。新生儿心内直视手术超过200例，无论在量和质方面，均位居国际领先行列。
心脏中心作为卫生部在全国儿童专科医院中唯一指定的“小儿先心病国家培训基地”和“心血管介入诊断和治疗继续教育培训基地”，目前已为国内227家医院（其中儿童医院61家）的心血管专业技术人员进行专业培训，累计超过912人次；包括北京、浙江、江苏、广东等在内具有500例以上先心病手术治疗能力的心血管专业主要骨干，大部分源自本中心进修学习人员，为全面推动我国小儿心血管学科的发展做出了重要贡献。此外，本单位还是儿童心血管转化医学领域的学术领头单位，每年的国家级课题超过10项，在研经费超过2000万，年发表SCI收录文章超过20篇，其中包括《Circulation》、《JTCVS》、《Annuals of Throacic Surgery》等心血管领域权威期刊，因此获得国家科技进步奖两次和上海市科技进步一等奖两次。
