小儿神经外科成立于20世纪80年代，是全国儿童医院中成立最早的神经外科之一。经过30多年的发展，科室目前已成为具有一定规模、技术力量较雄厚、设备优良的专业从事儿童神经外科疾病诊治的学科，规模及诊治水平在国内儿童医院中位居前列。
1. 现共有医生11名，其中主任医师（教授）3名、副主任医师（副教授）2名、主治医师2名、住院医师4名。
2. 目前设立床位约40张，开设有神经外科病房、重症监护病房及专家专科门诊，年诊治住院患儿达1500例以上。
3.建科以来，诊治了上万例各种类型儿童颅脑损伤，采用规范、综合的治疗方法，死亡率低，生存质量良好。
4. 2003年开展显微神经外科手术, 现已开展上千例显微外科手术，能熟练完成颅底及脑中线深部、后颅窝、脊髓内外的肿瘤切除，治疗水平高。脊髓栓系年手术量80~100例，颅内肿瘤70~80例，此类病例均在显微镜下实施手术切除，治疗效果良好。
5. 2004年开展的“小儿顽固性癫痫的外科治疗”被列为医院的重点临床创新项目，2005年派出癫痫手术治疗小组4名成员至北京三博脑科医院的经过系统学习并掌握了的相关技术，癫痫手术现已全面开展。
6. 先后在国内CSCD等类刊物上发表学术论文80余篇；获省部级课题4项，省部级重点课题1项，局级课题5项，校级课题2项；获省科技成果三等奖1项、重庆市科技进步二等奖1项。
二、具有先进的手术设备：
100级层流神经外科手术间、美敦力神经导航系统、德国目乐神经外手术显微镜、Valleylab超声吸引器、术中超声仪、Nicolet术中脑电监测系统、蛇牌开颅动力系统、蛇牌脑室内窥镜、蛇牌电凝电刀、DORO头架、DORO脑牵开器和各种进口手术器械，达到国内先进水平，能满足各类神经外科手术的需要。
三、主要诊治的疾病范围：
神经外科自成立以来，经过不断的积累和发展，积极拓宽本专业的诊治范围，可以治疗的病种有：
1.神经系统创伤：治疗各型颅脑创伤和脊髓创伤等疾病。已积累了治疗上万例颅脑创伤患儿的丰富的临床经验，尤其对特重、重型颅脑创伤患儿的治疗达到了国内先进水平。医院具有对创伤患儿进行系列、综合治疗的优越条件，术后可进行高压氧治疗、康复治疗、神经功能的评估等，提高了患儿生存质量。
2.神经系统的先天性疾病：如脑积水、外部性脑积水、蛛网膜囊肿、脑（脊）膜膨出与脊髓栓系综合症等。术中采用先进设备，如脑积水术中运用脑室内窥镜进行三脑室底造瘘，取得了明显的治疗效果。
3.颅内、椎管内肿瘤：如星形细胞瘤、髓母细胞瘤、室管膜瘤、畸胎瘤等。能熟练完成颅底、脑中线深部及脊髓内外的肿瘤切除，对手术风险高、手术难度大的肿瘤的治疗也取得了明显的疗效。术中运用神经显微镜、神经导航系统等设备，手术创伤小，功能恢复快。同时开展了恶性脑肿瘤的术后化疗。
4.颅难治性癫痫：现已开展药物难治性癫痫的外科手术治疗，切除癫痫病灶，效果较好。
5.颅内和椎管内血管性疾病：如自发性蛛网膜下腔出血、颅内动脉瘤、脑血管畸形、脊髓血管病变等疾病。科室积累了较丰富的临床经验，疗效明显。
6.其他神经系统疾病：对神经系统感染性疾病的诊断和治疗具有丰富的临床经验。
