消化内科是国家计委“211工程”最早重点建设学科和国家教育部首批长江学者计划特聘教授学科。该所消化疾病诊治点中心，病房现有134张床位、消化重点实验室面积2200平方米，目前与美国哈佛、耶鲁、普林斯顿等5 所大学的相关实验室联合建成的国际分子医学研究中心1100平方米，中日国际消化内镜中心（1000平方米），总面积约 6400 平方米，设备总值1300万元消化先后内科的年门急诊量达7 万人次， 介入治疗数量达1000人次，内镜诊疗数量达16000人次，已获得和在研国际及国家级课题22项，在读研究生40名，平均每月在国际学术期刊发表一篇论文，是集科研、教学与临床为一体在国内诊断总体规模最大、实力最强的消化内科。
消化内科的学术队伍结构合理，不仅有一批德高望重、学识渊博、国内外知名的老专家，而且有一批年富力强，学有成就的中青年骨干（平均年龄 36 岁）其中10 名曾赴在美、英、日等国家（或地区）进修过1 年以上的归国学者，2人获得国家杰出青年基金，1人获首批国家优秀青年人才专项基金，1人中国青年科学家奖，1人获求是实用工程奖，1人被中组部授予全国优秀人才共产党员称号，1人成为国家教育部长江学者计划特聘教授，有总后科技金星和新星各1人，总后一代名师 1人。担任中华消化学会副主委等全国性学术职务12项，有World J Gastroenterology 等21本杂志编委，有中华消化项目杂志等9本核心杂志的副主编，1人担任两次国际学术会议的主席， 有三名学者分别获得第8、10、12届世界消化病大会青年学者奖，1人获亚太地区消化病学会青年学者奖。
消化内科选择了我国死亡人数最多的恶性肿瘤――胃癌为研究方向，在发现胃癌新抗原 MGAgs， 制备其抗体，克隆其基因，特别是用其建立了先进的胃癌早期诊断方法等方面做出了令国际上注目的研究成果，由国外专家提出在该所召开两次胃癌国际学术会议上，大会推举樊代明所长为主席。该所先后承担国际合作课题，国家973、国家863、国家攻关等课题。其中国家自然科学基金等各类课题达33项（目前在研课题22项）在 CancerGutOncogen Gastroenterology J Hepatol Gastroenterology International clinical practice World J Gastroenterology 等国外杂志发表论文20余篇，在中华系列杂志等国内刊物发表论文200余篇，主要论文发表后被引用达230余次，获国家科技进步二等奖1项，三等奖1项，国家发明三等奖1项，陕西省科技进步一等奖 1项，国家新药证书1项，国家专利4项。研制的2种胃癌血清诊断试剂盒，近期将分别与美国旧金山 Biocheck 公司及韩国的公司协作逐步推向国际市场。
