西安市儿童医院外科1959年创立，是西北地区最早的小儿外科专业。其中普外科是最早成立的科室，经过半个世纪的发展，目前已发展成为包含、腹部外科、胸外科、肿瘤外科、急诊外科、等专业齐全综合性的学科。现有医师11人，其中主任医师2名，副主任医师1名，硕士2人，学士6名，人才梯队阵容整齐，结构合理。近年来学科密切关注小儿外科领域的技术创新和发展趋势，依托医院强大的技术力量，大力开展小儿外科手术、小儿微创外科技术和各种恶性肿瘤的综合治疗，诊治水平跨入国内先进行列。特别是改良后的NUSS术（治疗漏斗胸）达到了创伤小，切口小，恢复快，费用低，效果好的特点，受到权威人士及患者家属的一致好评。
普外二科是在原普外科的基础上，于2010年12月成立的全新科室，编制床位38张。现有主任医师1名，主治医师2名，住院医师4名，硕士4名，主管护师2名，护师6名，护士5名。
主要收治病种：甲状腺肿块、甲状舌骨囊肿与瘘、鳃源性囊肿与瘘、梨状窝瘘等颈前各种肿块及瘘管、食道裂孔疝、先天性膈疝、十二指肠梗阻、幽门肥厚、胆总管囊肿、胰腺囊肿等各种肝、胆、胰、脾疾病、先天性肠旋转不良、胆道梗阻、脐疝、先天性巨结肠、肠重复畸形等胃肠道先天性畸形、先天性肛门直肠畸形各种复杂肛瘘、神经母细胞瘤、腹膜后的各部位良、恶性畸胎瘤、骶尾部肿瘤、肝脏肿瘤、横纹肌肉瘤、血管瘤、淋巴管瘤等的诊断及手术。小儿急症专业在诊断和治疗阑尾炎、肠套叠、各种肠梗阻、美克尔憩室、消化道重复畸形、嵌顿性腹股沟斜疝、胰腺炎、消化道出血、消化道穿孔、软组织感染、急慢性腹痛等疾病具有丰富的经验。诊断和治疗急腹症的综合水平居国内领先地位，目前开展了腹腔镜小儿阑尾切除术、腹腔镜美克尔憩室切除术、腹腔镜胆道梗阻探查术、腹腔镜肠系膜淋巴结活检术等，达到了很好的临床效果。
