恶性肿瘤是严重威胁人类健康和生命的疾病，其发病率和死亡率逐年上升，随着该院医疗业务的迅速发展，2002年该院成立的综合肿瘤科已不能满足患者的需求，2015年10月将肿瘤外科专业从肿瘤科独立分出，并将该院胸外科、普外科乳腺专业和甲状腺专业有关外科医生整合重建，成立了曲靖市首个专业实力较强的肿瘤外科专业科室，设置在该院的内科住院楼17楼，开放床位62张。目前医生队伍有副主任医师2名，主治医师5名，博士研究生1人，硕士研究生3人，包括副主任护师在内的护理队伍共20余人。肿瘤外科依靠该院强大的医疗技术力量，和较高的社会影响力，积极收治病患，在资深专家的带领下，依托高学历人才的专业知识和科研技术水平，开展了乳腺、甲状腺及腹部肿瘤手术，形成了以手术为主包括放疗、化疗、介入治疗、靶向治疗、内分泌治疗等的综合治疗。逐渐开展全身各部位肿瘤的手术治疗。
近年来，乳腺癌、甲状腺癌发病率越来越高，对广大女性同胞健康和生命造成严重威胁，在曲靖市范围内还没有任何医院组建乳腺、甲状腺肿瘤专业科室的情况下，目前肿瘤外科（甲状腺乳腺外科）重点开展乳腺、甲状腺肿瘤疾病的手术治疗和化疗、放疗、靶向治疗、内分泌治疗，年手术量达1000余台次，取得了较好的社会效益。2016年，科室荣获共青团曲靖市委“青年文明号”、“曲靖青年五四奖章集体”荣誉。
该科依托云南省抗癌协会，常年请云南省肿瘤医院乳腺外科邹天宁教授、陈德滇教授、聂建云教授和昆明医科大学第一附属医院甲状腺中心程若川教授，肿瘤外科李文亮教授、文正奇教授等知名乳腺外科、甲状腺外科、腹部外科专家指导，组成乳腺癌、甲状腺癌、腹部肿瘤防治专家指导团，指导教学查房、技术培训、临床业务及手术协作，制定相关诊疗规范，不定期进行健康人群保健知识讲座，共享最新诊疗手段和基础研究进展，使乳腺癌疾病和甲状腺肿瘤疾病等多种肿瘤疾病的诊治更加科学、规范、合理，造福曲靖乃至滇东北地区、贵州省人民群众。
