医院2011年正式挂牌成立胃肠外科及临床营养中心，专业队伍由一批临床经验丰富，理论知识扎实的高素质人才构成。通过多年不断发展，在临床、科研、教学中取得丰硕的成果，在省内有较高的学术地位，大部分医师在国内胃肠肛门专科医院进修过，并与国内的胃肠肛门外科专家保持广泛的合作关系。系云南省普外重点专科建设项目之一，是曲靖市医学会肠外肠内营养专业委员会主任委员单位，是曲靖市医学高等专科学校教学点，承担昆明医学院、大理学院等多家院校本科生、专科生的实习教学任务。
胃肠外科包括胃肠专业、肛肠盆底专业和临床营养专业三个专业组，拥有一个住院病房（包括营养治疗病房）、一个胃肠肛门专科门诊和三个中心（临床营养中心、盆底疾病诊疗中心和曲靖市微创治疗胃肠分中心）。现病房在住院部十五楼，设病床56张，包括一间VIP房。科室拥有主任医师（教授）1人、副主任医师（教授）2人、主治医师1人，住院医师4人，副主任护师1人，主管护师2人，护师8人，护士8人。病房常年设置一支专业技术力量雄厚、责任性强的医护队伍，多年来开展以病人为中心的整体医疗护理服务，医护人员在各自岗位上认真履行职责，坚持科主任、副主任医师、主治医师、住院医师、护士长各级查房制度，为病人的正确诊断、治疗和护理提供了根本保证。本专科以胃肠肿瘤、盆底疾病及临床营养的规范化和个体化治疗为临床工作和研究重点，科室在省内首创应用腹腔双套管引流治疗肠外瘘，最早在曲靖市开展肠内营养治疗，应用微创技术PPH及TST治疗痔疮，开展胃肠肿瘤的个体化治疗，胃肠肿瘤的腹腔镜治疗，临床营养治疗的合理应用。现年门诊量3000余人次，年住院1300人次，年手术700台次，科室主持及参与完成多项市、局级科研项目，获曲靖市科技进步二、三等奖8项。在国内期刊发表论文50余篇，其中中华医学会系列期刊4篇。
胃肠肛门外科主要诊治的疾病有食管癌、胃癌、结直肠癌、胰腺炎、胰腺癌、肠瘘、肠梗阻、胃肠道息肉、消化性溃疡病、阑尾炎、消化道大出血、门脉高压症、腹壁疝、炎症性肠病、便秘、痔、肛瘘、肛裂、肛周脓肿、盆底肛门外伤、肛门畸形、肛门失禁、肛门疼痛及盆底生理功能障碍等。尤其在胃肠道肿瘤的腹腔镜治疗、经肛微创治疗、肠外瘘治疗、生物反馈治疗、造口护理、营养治疗、胃肠癌辅助化疗等方面具有创新之处，同时负责全院病人的营养支持治疗。
胃肠外科专科医疗团队对胃结直肠肛门疾病提供规范的一体化诊断、治疗和随访。从疾病的诊断、治疗与预后的评估，营养咨询与支持治疗，以及术后后续化疗、出院后的长期康复随访，科室医护人员在努力提高专业技术水平的同时，特别强调人性化服务。
