厦门大学附属中山医院消化内科是厦门市消化疾病诊治中心、厦门大学消化疾病研究所骨干学科，2007年获批“厦门市消化系疾病实验室”，2008年建成“中华医学会消化内镜培训中心厦门培训基地”，2009年联合台湾大学医学院附设医院、香港中文大学威尔斯亲王医院牵头成立“海峡两岸消化疑难病会诊基地”，2010年晋级“卫生部国家临床重点专科”， 2012年成为福建省临床重点专科，2013年联合新加坡国立大学医院、台湾大学医学院附设医院、香港中文大学威尔斯亲王医院成立“海峡两岸消化系肿瘤早期诊断和治疗基地”，2013年成为“卫计委海峡两岸医药卫生交流协会消化病学专家委员会”挂靠单位，2015年成为“厦门市卫生计生委领先学科”。该专业集医、教、研为一体，技术力量雄厚，现有医护人员100余人，其中闽江学者特聘教授1人、博士研究生/博士后导师2人，硕士研究生导师9人，主任医师、教授9人，副主任医师、副教授8人，主治医师7人，住院医师8人，医师中拥有博士学位25人，硕士学位8人，其中多人有海外留学经历。有中华医学会消化病学分会常务委员1人、青委会副主任委员1人，中国医师协会消化医师分会常务委员1人、委员1人，海峡两岸医药卫生交流协会常务理事1人，海峡两岸医药卫生交流协会消化病学专家委员会常务副主任委员兼总干事1人、副总干事1人，中国医药生物技术协会组织生物样本库分会委员1人，中国胃病专业委员会常务副会长1人、理事2人，中国抗癌协会肿瘤内镜专委会委员1人。拥有各种先进的诊疗及科研设备，目前病区开放床位为120张，同时设有消化专家门诊、专科门诊、专病门诊、消化内镜诊疗部、消化动力室和消化实验室。年门诊量12万余次，年出院3500余人次，年内镜诊疗达4万余人次。消化内科坚持以临床为核心，教学、科研为动力，目前该学科已成为海西地区消化病和消化内镜专业的领军学科。
临床工作方面，消化内科设有合理的亚专科分组，包括：消化系肿瘤早诊早治组、肝病组、胆胰疾病组、消化动力组和科研组。门诊有诊室8间，开设消化专家门诊、消化专病门诊和普通门诊，满足不同人群的就诊需求。其中专病门诊是门诊建设的重点和特色，目前有脂肪性肝病、炎症性肠病、胃食管反流病、功能性胃肠病及便秘、胆胰疾病、消化内镜诊治共7个专病门诊，其中脂肪性肝病、炎症性肠病和胃食管反流病三个专病门诊具有中国医师协会授牌。坐诊专家均具有丰富的临床及内镜操作经验，能进行消化内科各种急危重症及疑难病例的诊治，快速为患者明确诊断、解除病痛。病区现有开放床位120张，拥有经验丰富、技术精湛的三级医疗队伍及训练有素的护理队伍，具备快速应对各种突发事件的能力，能胜任消化内科各种疾病的诊疗及护理工作。近3年出院人数年增长率超过30%，2013年出院人数达3500人次，出院患者治愈好转率超过90%，住院患者中疑难危重患者比例超过50%。大力推进消化疾病临床路径工作，目前在运行路径9个，并有专门的临床路径质量管理小组，定期开展临床路径工作讨论会。实施“优质护理服务示范工程”，持续改进临床护理质量。病房宽敞明亮、舒适温馨，使患者有宾至如归的感觉。
教学方面，消化内科教研组是内科教研室的骨干力量，包括博士研究生导师1名，硕士研究生导师9名，现有在读博士后、博士研究生、硕士研究生22名。承担厦门大学医学院、福建医科大学本硕博的教学和研究生培养以及厦门大学海外生的培养工作。消化内科教研组的全体教师在工作中均耐心向进修医生及实习学生传授知识，理论与实践相结合，强调临床技能的提高，定期组织大规模的疑难病例讨论，并多次带队参加全国高校医学生技能大赛并取得优秀成绩。同时该科积极参与教学理论的研究和创新，2011年作为常务编委单位完成了高等教育出版社全国普通高校五年制医学本科教材《内科学》消化系统的编纂工作，该书已于2012年12月印刷出版。此外该科教师积极撰写和发表教学论文，多位教师被评为厦门大学先进教学工作者。
科研工作方面，消化内科实验室，可以进行消化病理、细胞生物学、分子生物学和蛋白质组学等方面研究。在三叶肽、JTB、Mindin、拉曼内镜在消化系疾病和消化系肿瘤的相关研究处于国内领先水平。同时承担厦门市肿瘤分子诊断和靶向治疗重大科研平台项目研究。近年来获得国家级科研立项近20余项，包括国家自然科基金项目、973计划分课题、国家“十二五”科技支撑计划项目分课题、国家重大科学研究计划分课题等。近年来荣获科技进步奖5项，国家发明专利4项，共在SCI及国家级核心期刊上发表专业论文百余篇，主编、参编专著10余部。
交流与协作方面，消化内科先后与美国哈佛大学麻省总院消化内科、新加坡国立大学医院消化内科、台湾大学医学院附设医院、香港中文大学威尔斯亲王医院、第四军医大学空军军医大学西京医院、海军军医大学附属长海医院、上海交通大学附属仁济医院消化内科及厦门大学生命科学学院等国内外先进学科建立了良好的学术联系及协作关系。有多人多次参加国际、国内学术会议，并被邀请在会议上作专题报告。成功主办国际学术大会5次、省级学术会议多次。创建了“海峡两岸消化疑难病会诊基地”、“海峡两岸消化系肿瘤早期诊断和治疗基地”，主办刊物《Clinical update:Gastroenterology and Hepatology》， 创办了《海峡两岸消化论坛暨世界华人消化高峰论坛》、《海峡两岸消化系肿瘤早期诊断和治疗高峰论坛》、《海峡两岸胃肠黏膜与胃肠微生态高峰论坛》、《海西消化论坛》，使大陆、港澳台及海外的消化内科及消化内镜医师共聚一堂，促进了海峡两岸医学交流，为海峡两岸消化病及消化内镜医师提供了学术交流平台。
