卒中中心是国家脑血管病防治办公室认证“高级卒中中心”建设单位。神经内科“脑卒中预警诊治专科”是厦门市第四周期重点规划专科、中国卒中学会首批卒中联盟成员单位及卒中中心、全国十省市50家“脑卒中一级预防协作点”优秀协作单位、中华预防医学会慢病控制与预防分会《卒中预警预防学组》授予的东南地区卒中预防预警技术培训基地、厦门市卒中中心、中风120福建特别行动组、全国首批200家头痛中心、中国卒中学会红手环志愿者单位、福建省神经内科住院医师规范化培训基地。
科室创立于2007年12月，发扬“以人为本、尊重生命”的团队精神从零开始，通过全科医护工作者的辛勤工作，科室先后2次获得“厦门市青年文明号”、“厦门市工人先锋岗”、“厦门市巾帼文明岗”、首批13家“厦门市人文关爱合作试点病区”、五次荣获中国卒中学会“优秀红手环志愿单位”、“福建中医药大学优秀带教科室”等称号。
在福建省最早开展了脑血管病预警因子—溶血磷脂酸测定、40岁以上高危人群卒中的筛查、建档及干预管理。采用国际上推荐使用的各种风险评估量表集合而成的检测软件系统，对卒中进行从一级到三级的全面的预防及风险评估，重视卒中急性期及恢复期的心理、康复治疗、健康宣教及随访，从未病预警预防做起，到发病后的全面综合治疗，实现了卒中从“预警-综合诊治-心理干预-早期康复-预防-健康教育-随访”的整体诊疗干预服务体系，走在了全省的前列。
科室设有神经康复室、神经心理室、脑血管功能检测室、经颅彩色多普勒超声室、脑电及视频脑电监护室、多导睡眠监测室、肌电诱发电位室、神经病学实验室，开设卒中、癫痫、帕金森病、痴呆、头痛、神经心理等特色专科门诊，业务范围涵盖了神经内科所有领域，擅长脑中风（短暂性脑缺血发作、动脉粥样硬化性血栓性脑梗死、腔隙性脑梗死、脑栓塞、脑出血、蛛网膜下腔出血）、脑供血不足、各类头痛、头晕、眩晕、耳鸣、记忆力下降、面神经麻痹、周围神经病变、脑膜炎、癫痈、痴呆、帕金森病、中枢神经系统自身免疫性疾病、变性疾病、共济失调等常见病的诊断及治疗，同时对疑难病的诊断有丰富的经验。
科室在不断提高专科业务服务能力外，还注重科研和教学工作，近年来获得多项省市级科研项目资助及科研成果，获得国家发明专利及实用新型专利6项，其中获奖2项，专利转化1项。做为分中心参与并完成了国家“十一五”、“十二五”科技支撑项目8项。在主要专业杂志发表论文70余篇。多次举办国家级及省市级继续医学教育项目，曾获得厦门市医学会继续医学教育优秀项目奖。科室多次获得校级优秀带教科室，多人多次获得省级、市级、校级、院级优秀教育工作者及先进个人。
科室始终坚持“科室文化”的建设，即以技术为基石，团队精神、服务至上的理念做桥梁，构架医医、医护、医患健康和谐的关系，建设轻松、和谐、积极向上的、医患一家亲的人文环境，长期致力于辖区脑血管病、痴呆、帕金森病、癫痫、头痛等慢病系列健康教育系统的建立及定期随访制度，积极组织各种大型义诊活动，提高辖区居民健康管理意识。2013年4月始，神经内科被列为厦门市首批14家“厦门市人文关爱合作试点病区”，以“做有人情味医务工作者”为抓手，结合台湾慈济医院经验，倡导以感恩的心情回馈患者、回馈社会，以“爱心呵护生命”为主题，设立了爱心公益基金，组织各种公益活动，每月对行动不方便的出院患者、社区卧床老人、敬老院的老人进行访视，提供心理咨询、康复指导、各种护理、健康教育讲座等服务，不仅给患者提供优质的医疗服务和优质的人文环境，而且形成了具有“团队精神、凝聚力、责任感、进取心、互助心”的积极向上的有竞争力的团队。
2015年5月中国卒中学会红手环志愿团在北京成立，厦门市第二医院红手环志愿者服务团成为第一批加入该服务团的成员单位。2017年获得福建省神经病学分会批准正式成立并更名为厦门市红手环志愿者服务团。该团队连续5年荣获中国卒中学会颁发的年度 “优秀红手环志愿单位”，科室8人先后荣获中国卒中学会颁发的年度“优秀红手环志愿者”。厦门市红手环志愿者服务团5年来多次在医院院内及所辖社区组织进行健康教育讲座近70余场，受益群众达6000余人次，每年分别在世界帕金森日、世界痴呆日、世界卒中日等组织多场不同主题的大型义诊活动。
