中医科是南靖县医院的中医特色科室，有4个副主任医师、1个助理执业医师。有中医内科、中医骨伤科、中医肛肠科。

中医内科发挥中医中药优势在内科慢性、顽固性、疑难性疾病辩证论治上有独特疗效。

中医骨伤科运用县医院磁共振、CT、DR等现代检查设备明确诊断各种骨伤疾病，并运用手法进行推拿及骨折整复；颈椎、腰椎牵引器械牵引治疗；康复科微波、冰敷、热敷等理疗治疗。

中医肛肠科在运用中医中药治疗肛肠疾病基础上，开展微创手术痔上粘膜吻合器环切术、内痔套扎器套扎术、内痔硬化剂注射术；同时开展高位复杂性肛瘘切开挂线术、肛周脓肿一期根治术等各种肛肠科疾病手术治疗。