深圳市中医院神经外科创立于2008年12月，开放病床22张，拥有神经外科主任医师1名、副主任医师3名、主治医师2名、住院医师1名，其中博士1名、硕士5名、本科1名，科室为深圳市中西医结合学会神经外科专业委员会主任委员单位。

科室配备了飞利浦128排高速螺旋CT、GE 3.0T高分辨磁共振、飞利浦和西门子血管造影机、蔡司和徕卡手术显微镜、神经内镜等高新设备，主要开展中西医结合外科治疗神经系统疾病，如神经系统肿瘤、颅脑损伤、脑血管病、脑功能性疾病等，具有满意的疗效。

科室以脑血管病微创及介入治疗和功能神经外科为特色，近年成功开展了重型颅脑损伤的救治、颅内肿瘤显微外科切除术、高血压脑出血微创外科治疗、颅内动脉瘤的开颅夹闭及介入栓塞治疗、颈动脉狭窄内膜剥脱术和支架植入术、颅内大动脉闭塞的急诊介入取栓治疗、三叉神经痛微血管减压和微创球囊压迫治疗、面肌痉挛的显微外科治疗、帕金森病立体定向外科治疗、小儿狭颅症的外科治疗、复杂腰脊髓脊膜突出的手术治疗。

该院作为区域卒中中心单位，该科在脑卒中的外科治疗方面利用中西医结合学科优势，打造急救、治疗、康复一条龙服务，在深圳市独具特色。利用该院中医药特色，开发了“补髓益智汤”，对脑卒中后痴呆、老年性痴呆取得了良好效果。