鄂尔多斯市第二人民医院感染科成立于2003年,是医院的一个重要组成科室,科室主要承担全市人民的艾滋病、性病(淋病、非淋菌性尿道炎、梅毒、尖锐湿疣、生殖器疱疹、阴虱)等性传播疾病的防治工作。该院也是市政府指定的唯一一家治疗艾滋病、性病的医院。目前在治的艾滋病患者已达二百余人。该科现有主任医师、副主任药师、主治医师等十二名医护人员组成,科室人员均在北京、西安、云南等地接受过专业的培训,形成了一支集咨询、预防、检验、治疗的专业队伍。
2016年6月26日经内蒙古卫生厅、公安厅、药监局等部门指导和验收鄂尔多斯市首家美沙酮药物维持治疗门诊正式挂牌成立了。门诊的成立不仅填补了该市没有药物戒毒的空白,而且极大减少了海洛因在社会的流通,并且有效的预防艾滋病和其它传染性疾病的传播。该科室为广大吸毒者提供优质安全的服务,设有咨询室、体检室、服药室、药库和监控室,是中西部地区规模最大、设施最完善的门诊之一。