内镜科成立于1999年，是临床诊断➕临床治疗科室，介于临床和医技之间。现拥有奥林巴斯电子胃肠镜260主机及180主机共两台，富士电子胃肠镜4450主机一台，共拥有胃镜、肠镜、支气管镜共9条。现有医生5人，其中主治医师2名，医师3名，主管护师及护师5名。

内镜科每年能开展胃肠镜检查及治疗7千余例。同时开展无痛内镜诊治技术以及各种内镜治疗技术，如：内镜粘膜下剥离术(ESD)；内镜下粘膜下肿瘤切除术；胃肠道息肉切除术；消化道出血的内镜微创治疗；食管静脉曲张硬化组织胶治疗；消化道良、恶性狭窄扩张及贲门失弛缓症气囊扩张治疗；消化道异物取出术；胃碎石术；胃空肠营养管置入；内镜下内痔硬化套扎微创术等。并开展了幽门螺旋杆菌检测诊疗。