儿童保健部成立于2016年12月21日，由儿科、儿童保健科和儿童康复科三大科室组成。

儿童保健康复是市级重点学科，是山东省首批通过的省级儿童早期发展示范基地，是国家、省市三级贫困残疾儿童抢救性康复救助项目定点服务机构，承担着任城区儿童保健业务的规划和19个乡镇卫生院、社区服务中心儿童保健业务的管理、培训和指导工作。科室设有生长发育门诊、儿童营养门诊、高危儿门诊、儿童心理门诊、神经康复门诊、儿童眼保健门诊、预防接种门诊、新生儿疾病筛查等。开展了儿童心理发育评估、智力测验、骨密度监测、乳汁成分分析、儿童听力筛查、智护训练、NBNA测定、高危儿干预、亲子活动等全方位优质服务。儿童康复主要接治0-6岁的儿童脑瘫、孤独症和智力低下，儿童脑瘫主要采取运动疗法、作业疗法、语言疗法、物理治疗、引导式教育、悬吊、推拿、针灸等综合康复治疗方法；儿童孤独症、智力低下集医、教、康综合康复模式，采用ABA的理念，通过一对一个训、合训、集训、游戏治疗、音乐治疗、沙盘治疗、多感官、感觉统合、个人工作系统等多种方式进行康复治疗，康复效果显著，2013年被中国妇幼保健协会授予中国妇幼保健协会残疾儿童康复培训基地 。

儿科主要由门诊、门诊输液室和病房三部分组成。儿科门诊均由经验丰富的高年资专家坐诊，不需要预约，可随时来诊。儿科病房分为新生儿病房和普通病房，共有72张床位，其中新生儿病房床位26张、普通病房床位46张。新生儿病房主要收治早产儿、低出生体重儿、新生儿窒息、缺氧缺血性脑病、新生儿肺透明膜病、 新生儿肺出血、 新生儿胎粪吸入综合征、新生儿溶血症等，是产科强有力的保障。儿科病房主要收治支气管炎、喉炎、肺炎、毛细支气管炎、儿童哮喘、肠炎、腹泻等各种呼吸系统和消化系统疾病。拥有人工呼吸机、微量血气分析仪、危重新生儿转运车、经皮测胆仪、微量血糖检测仪、心电监护仪、T装置、新生儿暖箱、新生儿红外线辐射抢救台、蓝光治疗仪、高压氧舱、雾化泵、输液泵等先进的仪器设备。