外科开设了外一科一组（腔镜微创外科中心）、外一科二组（普外二科）、外一科三组（胃肠肿瘤、阑尾、疝外科）
外一科一组（腔镜微创外科中心）：
1、腹腔镜等微创治疗：我科70%以上的手术均是在腹腔镜下完成。至今我科已完成腹腔镜下胆囊切除2万余例。对于胆道结石及胆道梗阻性疾病我科还可以采取不需开刀的微创治疗技术：即在胰十二指肠镜下进行胰胆管造影、乳头切开取石及胆道支架植入术等，有了以上技术，在我院胆囊、胆道结石和胆道梗阻性疾病的治疗均可以采用微创手术。
2、日手术：日手术的优点是能减少患者住院天数，减轻经济负担。在我科腹腔镜胆囊切除，疝修补，阑尾切除都是日手术，日手术是一个医院手术质量、效率和服务模式的良好体现。
3、小肝癌的治疗：我科可熟练应用射频等消融技术治疗小肝癌，避免了常规开放手术造成的较大创伤。
4、中医特色：我院汇集了区内最优秀的中医医疗专家，因此我们在中西医结合治疗急性胰腺炎、肠梗阻、腹部肿瘤、以及普外科疑难急危重疾病方面具有独特的疗效和优势。
外一科二组（普外二科）：
新疆维吾尔自治区中医医院普外二科建立于2007年，发展于2015年，在科室耿中利主任的带领下，秉承中西医结合治疗甲状腺、乳腺、头颈、血管外科疾病的理念，倡导西医外科手术治疗、中医内、外治结合的方法，尤其重视西医外治的运用，疗效显著，目前被中国研究性医院学会聘为“全国甲状腺及甲状旁腺术中神经监测技术培训基地（新疆）”；被中国医师协会聘为“全国腔镜甲状腺手术培训基地”；西部乳腺甲状腺专科联盟成员单位。
目前科室床位66张，年收治患者5000余人次，年手术3000余台次，年门诊量2万余人次，甲状腺恶性肿瘤、头颈肿瘤的疾病收治人数、手术人数及疑难病例的人数在新疆，乃至西北地区首屈一指，尤其是在甲状腺疾病的微创手术治疗方面，已取得全国先进水平，乳腺恶性肿瘤、血管疾病的人数每年也在稳步增长。
科室现有医护人员共31名。其中主任医师3名，副主任医师4名，主治医师8名，在读博士研究生2名，硕士12名，主管护理师5名，护理师11名，护士2名。硕导3名，在国家级甲状腺学会任职副主委1人，委员6人，省学会委员5人。
外一科三组（胃肠肿瘤、阑尾、疝外科）：
新疆自治区中医医院胃肠肿瘤、疝、阑尾外科集医疗、教学、科研为一体，拥有一批精良的技术骨干，全科医护人员23人，医生8人（其中主任医师1名，副主任医师2名，主治医师5名，博士1名，硕士7名；），护士15人，病区额定床位39张，年收治患者2000余人次。
科室团队遵循肿瘤患者规范化、个体化、精准化治疗，致力于一切为了患者、全心全意为患者服务的理念。临床上以微创治疗为基础，在实践中贯彻快速康复为理念，提高肿瘤患者生存时间和生活质量为己任打造科室品牌。
科室诊治方向：胃、结直肠肿瘤、小肠良恶性肿瘤、胃肠间质瘤、神经内分泌肿瘤等消化道疾病；腹膜后肿瘤、腹腔肿瘤，外科创伤、外科急腹症、消化道穿孔、出血、疝等疾病。中西医并重，中西医互补治疗为我科特色。医院为促进科室发展，从自治区肿瘤医院引进王琦三主任医师，进一步加强了我科胃肠肿瘤的综合诊治水平。腹腔镜胃癌、结直肠癌等手术在疆内处于领先地位，达到国内先进水平。
低位直肠癌保肛手术以其独特的技术优势在疆内处于领先地位。无张力疝修补手术，各种复杂类型腹壁疝，造口、伤口护理和并发症的治疗也有着丰富的临床经验。
科室每年举行自治区继续教育，完成对疆内相关专业医务人员的培训；成立了中西医结合肿瘤外科专业委员会；NOSES手术没有腹壁辅助切口，所有操作都在腔镜下进行或经自然腔道完成，可以说，是更完全意义上的腹腔镜手术，更能极致地展现微创技术的优势，我科室为新疆地区唯一加入国家NOSES联盟的团队。完成国家、省级科研项目6项，发表论文60余篇，其中SCI5篇。
