神经外科开设了神经外一科（外三科一组）、神经外二科（外三科二组）。
新疆维吾尔自治区中医医院神经外一科成立于2004年，经过医护17年的潜心辛勤耕耘，现已成为集中西医结合医疗、教学、科研及人才培养为一体的自治区重点专科。
病区A区加部分B区，固定病床53张。目前医生10人：主任医师1人，副主任医师4人，主治医师4人，住院医师1人，博士4人，硕士5人，中华医学会新疆神经外科分会副主委1人；护理人员15人：护理硕士1人，本科3人，中华护理学会新疆外科分会副主委1人。年收治患者1500余例，手术量例数300余例，脑血管疾病介入治疗200余例。
拥有成熟的医师队伍，所有医师均已通过Yasargil显微训练，颅底外科培训、脑血管介入培训、脑室镜培训，术中电生理监测培训，可完成难度较大的各类手术。科室目前配备国内先进水平神经外科手术设备：高端手术显微镜、脑室镜、垂体室镜、术中多功能神经电生理监测仪、脑电监测仪器、术中B超、有创及无创颅内压监测仪、射频消融仪等，手术技术和设备平台与世界接轨。
目前我科对神经系统常见疾病、危重疑难病症的治疗已走在全省的前列，手术安全性高，常规开展颅脑创伤的规范化治疗、高血压脑出血微创治疗、各类脑肿瘤的手术及及脑脊髓血管疾病的血管内介入治疗，急性脑卒中脑血管取栓，颈动脉及颅内动脉支架治疗。
积极开展全疆独家新技术、新项目，如重度面瘫、面肌联动、面瘫畸形，同时面肌痉挛和三叉神经痛显微外科治疗是目前全疆安全保障手段最强的医院之一，难治性癫痫手术等治疗也取得较好的治疗效果。
在不断进步的同时，外三科一组还与北京天坛、上海华山、湖南湘雅、北京三博、上海同济、郑大一附院等知名医院、名医建立了长期的技术合作关系，加入北京天坛医院神经系统疾病专科联盟、上海市同济医院脑血管介入联盟，联盟专家定期来院讲学交流指导，完成多例高难度脑及脊髓血管病手术，国家中组部委派上海华山医院援疆专家长期服务，旨在为患者创建全国更高层次的诊疗平台。
神经外科将以精湛的技术为基础，以优质服务为载体，全心全意为人民服务。
神经外二科（外三科二组）：
神经外二科是自治区较早开展神经外科手术及介入手术的医院之一，在医疗、教学、科研等方面取得了长足的进步和发展，形成了一支精干的学科队伍。现有医护人员23名，其中医师8名，护士15名，开放床位70余张。
多年来以高标准专业技术和丰富的临床实践经验，与国内一流脑外团队和专家建立长期医疗技术合作，为全疆各族患者提供各类介入医疗及神经外科服务。
科室较早先在疆内成功开展急性脑梗死机械取栓术、椎动脉狭窄药物球囊扩张成形术、颈内动脉海绵窦瘘覆膜支架置入术。现每年独立完成脑血管介入治疗二百余例，包括急性缺血性脑卒中静脉溶栓和急诊血管内治疗（动脉溶栓、机械取栓、球囊扩张术）、颅内动脉瘤介入栓塞术、头颈部血管支架成形术、脑静脉系统血管支架成形术、颅内动脉慢性闭塞再通术、脊髓血管内介入术、颅内动静脉畸形血管内治疗等，多次被国内知名媒体报道，达到国内先进水平。
科室较早引入瑞典Leksell的脑立体定向系统，对于高血压脑出血、脑室出血、脑血管淀粉样变、脑脓肿、脑组织活检、慢性硬膜下血肿、脑肿瘤内放射等病变，采取微创手术，局部麻醉，创伤小，极大改善患者预后。
科室完成脑出血开颅手术、颅脑外伤手术、垂体瘤切除术、颅内动脉瘤夹闭术和面肌痉挛、三叉神经痛的微血管减压手术、颅内外高流量搭桥、颈动脉内膜剥脱术，以及脊髓和椎管病变的手术治疗：如脊膜瘤、神经鞘瘤、脊髓栓系等高难度手术，取得良好疗效。
神经外二科全体医护人员将持续努力，以“一流的设备、一流的服务、一流的技术”为服务宗旨，以“敬佑生命、救死扶伤、甘于奉献、大爱无疆”的精神为各族患者提供优质的医疗服务。
