消化内科自1954年建院即成立，经过几代人的努力，目前已经发展成为新疆地区首屈一指的消化系统疾病临床、科研和教学中心。科室现分胃肠、肝胆两个病区，共有床位76张。
在学科带头人—消化内科主任丁永年教授的带领下，拥有一支以优秀的中青年骨干为主的医教研全面发展、结构合理的医疗梯队。医师10名，包括主任医师1名，副主任医师6名，主治医师2名，住院医师1名，其中博士2名，在读博士3名，硕士2名，硕士生导师3名，护理队伍19人，其中主管护理师6人，护理师5人，护士8名。
国家药物临床试验消化专业认证科室，经过GCP培训的医务人员20名，设有专科门诊、专家门诊，并常年邀请复旦大学附属华东医院，上海同济大学附属同济医院消化内科专家做为科室的业务顾问，参加查房和坐诊。消化内科是新疆医科大学第二附属医院重点培育科室，获新疆消化病学专科联盟常务理事单位、新疆维吾尔自治区食管疾病规范治疗联盟副组长单位。
消化内科胃肠病区对各类胃炎、肠炎、胆囊炎、消化性溃疡、消化道出血及消化道肿瘤、急慢性胰腺炎、重症胰腺炎、炎症性肠病的抢救及治疗，对结核性腹膜炎、肠结核、原发性腹膜炎，对急慢性肝炎、肝硬化及肝性脑病及消化道、肝胆系统的常见病、多发病的诊断及治疗有着丰富的经验。
在消化系统的疑难杂症方面有着较强的综合判断能力及临床治疗经验，并在消化道疾病介入治疗方面，有一定特色。开展了各种实体瘤的导管介入治疗、食道、胆道梗阻、狭窄的球囊扩张术及内支架成形术、布-加综合征下腔静脉支架成形术，各种实体瘤的穿刺活检术。同时还具有较强的对各种中毒性疾病、肝性脑病、消化道大出血等危急重症的抢救治疗能力。并且几十年来，还在社区及基层的传染病防治工作中，取得了积极作用。
消化内科肝病病区对于脂肪肝、酒精肝、各种类型病毒性肝炎、肝纤维化各期、肝硬化以及各种类型的腹水、胸水、感染性疾病的诊断、治疗，各种类型的结核、发热性疾病，各种类型的腹泻等其它常见病、多发病的诊断及治疗有着丰富的临床经验。能完成肝脏等组织的穿刺活检术，为疾病诊断提供了病理学的依据，为更好的治疗疾病打下了良好的基础。在上消化道大出血、重症肝炎、肝硬化、肝性脑病等危急重症疾病的抢救工作具有较强的综合反应及抢救治疗能力。
