感染科于1965年建院时便有，因经济与科学都不发达，囿于条件所限，人民群众患病率和死亡率最高的都是各类烈性传染病。而该县又是出血热、乙脑、流脑、钩端螺旋体病的高发区，所以内科同样收治各种传染病。内科和传染科并没有具体的区分，而医生则是混用的。感染科正式创建于1980年，传染科内设传染病、肺结核病两个病区。感染科在该县历年的重大传染性疾病防治中，做出巨大贡献。

1983年流行性出血热在利辛县流行，利辛县是流行性出血热的疫区，县医院传染科是收治出血热的定点医院。传染科开展了胃肠透析治疗流行性出血热肾衰的临床研究，效果良好，并对出血热各期进行了治疗经验与心得总结，获得了安徽省三等奖。2003年国内外有非典疾病（全称非典型性肺炎）的发生，县医院传染科是非典定点收治医院，开展了非典的防治工作，设置了隔离专区，医护人员在隔离区轮换工作，有些自动请愿的医护人员在隔离连续工作三四十天，最终抗击非典取得了胜利。利辛县的艾滋病发病率在省内居高不下，县医院传染科又是艾滋病的防治定点医院，积极地进行了艾滋病的防治工作，使该病在近期内有所控制。2012年度在艾滋病求助治疗方面，全面落实县委县政府的“四免一关怀”政策，同时尽量减少艾滋病人的医疗费用。依据利辛县人民政府2010年下发的《利辛县艾滋病机会性感染治疗管理方案》，领导小组负责艾滋病病人机会性感染治疗方案的制定，组织实施治疗，对院内艾滋病病人机会性感染治疗进行业务指导和监督，负责向医院及上级主管部门上报艾滋病病人机会性感染治疗情况等。2004年该院设立中美合作艾滋病临床医生培训基地，并有美国专家李依枫等人指导任教，为全国各地培养了十期艾滋病防治学员，是安徽省艾滋病临床科研基地。　

2009年8月甲流(H1N1）流行，根据卫生部卫发 [2009]50号及安徽省卫生厅[2009]40号文件关于加强甲型H1N1流感防控和应急工作的要求，院领导与感染科和相关科室，制定了利辛县人民医院甲型H1N1流感医疗救治应急预案。2009年手足口病（EV71感染）的出现，县医院传染科是收治的定点医院，专门于原1号楼东侧开出手足口病专区，收治大量患儿，成绩显著，获得上级组织的好评。2013年，感染科调整划分为传染病应急病区（一病区），传染病肝病区（二病区），传染病艾滋病、TB病区（三病区）。感染科科室环境安静、整洁、舒适，管理规范，对感染科的急危重症疾病（如：消化道大出血、各种类型的病毒性脑炎、各种病毒性肝炎、肝硬化、肝性脑病、流行性出血热等）的救治已达到市内先进水平。目前感染科医护人员30人。医师11人，其中副主任医师1人，主治医师2人，主管护师1人，护师3人。先后派往上海，北京，合肥，武汉，蚌埠等地进修学习。床位93张，开设了传染性呼吸系统疾病科、急性传染病科、肠道门诊、艾滋病学科、应急病区、肝病科、肺科等科室，三个抢救病房，配备有床旁心电监护仪十台、动态血压检测、多导心电图、输液泵、微量泵及床旁呼叫设备，为急、危重症患者的抢救提供了保障。各级医师均参加过专科培训，定点专业进修，分别承担门诊及住院部的工作，无论是疾病诊治的规范性，还是急、危重症的抢救等方面都具有较强的实力。得到专家的技术支持。感染科内有护士19人，均能从疾病的专科特点入手，胜任高难度护理任务，并有的放矢的进行心理护理工作。全科医护人员团结作战的工作精神，已赢得广大患者朋友的好评。为该县的突发传染病的防治工作，奠定了坚实可靠的基础。科内治疗范围包括：1、乙型病毒性肝炎、丙型病毒性肝炎、甲型病毒性肝炎、其它病毒性肝炎及各种原因导致肝脏损伤的诊治及并发症的处理等。2.对于艾滋病以及相关并发症的诊治。3.对于不明原因发热的诊疗。4.各种急性、慢性传染性疾病的诊疗及救治。5.对一些突发急症快速诊断如：胸痛、呼吸困难、晕厥等具备相当丰富的经验。