自医院创建伊始就有眼科设置，至今已有一百多年的悠久历史。在科室众多前辈一代又一代的辛勤耕耘下，逐渐发展、壮大，成为省级眼科医疗、教学、科研中心。眼科主任翁景宁主任医师是福建省医学会眼科分会副主任委员，北京大学医学部博士研究生毕业，全科共有高级职称7人、博士生2人，硕士生3人、在职读研究生3人。另有2人任福建省医学会眼科分会常委、委员，1人任福建省中西医结合学会眼科分会副主任委员,1人任福建省中西医结合学会眼科分会秘书。
眼科现设有准分子激光矫治近视专科、白内障超声乳化专科、糖尿病视网膜病变专科、眼眶病治疗专科、斜视弱视近视眼防治视光专科等。科室拥有大型先进进口设备：美国科以人公司最新一代准分子激光治疗机，具有红外线制导、自动跟踪、波前像差、个体化切削功能，使手术治疗近视眼更加准确、安全、可靠，已成功治疗近视眼二万多例，居省内领先；美国眼力健公司SOVEREIGN白内障超声乳化治疗仪，该仪器前房稳定性好，使手术安全性更高；美国博士仑公司MILLENNIUM玻璃体切割机；Zeiss 、Leica手术显微镜；美国Alis 眼内激光机；YAG激光；美国科以人公司氩离子激光治疗机；泪道激光治疗仪；眼前节照相系统；光学相干断层成相（OCT)，日本进口眼底照相机；眼科A、B超；Goldmann眼压计；非接触眼压计；角膜地形检查仪；角膜内皮细胞计数仪；同视机；综合验光仪等等。
眼科每年均多次选派医生到国内外进行技术交流，加之百年来传、帮、带积累的临床经验，建立了一支基础扎实、技术过硬、不断探索前进的队伍。先进的检查、治疗仪器为眼科新技术的开展奠定基础。科室已经开展绝大多数的眼科新技术，在福建省内率先开展的新技术有：准分子激光治疗近视、白内障超声乳化手术、折叠式人工晶体植入、多焦点人工晶体植入、带虹膜人工晶体植入等；眼眶肿瘤手术、甲状腺相关眼病的治疗、羟基磷灰石义眼座植入、仿真义眼装配也是省内领先项目。近年来还开展了眼科高难度的玻璃体、视网膜手术，治疗复杂视网膜脱离、严重糖尿病视网膜病变、球内非磁性异物取出等，积累了严重眼外伤的抢救、治疗经验，绝大多数病人避免了眼球摘除，并能恢复有用的视力。进行了标准小梁切除、复合式小梁切除、非穿透性小梁切除术、青光眼调节阈植人、斜视斜正、泪道激光手术、羊膜移植治疗眼表疾病。建立了眼视光室，采用国内外最前沿的检查治疗理念，为每一位斜弱视患儿制定个性化综合治疗措施，在近视眼防治、疑难验光配镜方面积累了丰富的经验，对近视加深很快的青少年应用角膜塑形镜限制加深，对RGP等硬性角膜接触镜的验配、角膜炎、干眼病等眼表疾病诊治积累了较多的临床经验。眼科还注重科研工作，以保证技术领先的地位，使科室的后劲增强，近几年有多个课题获省科委自然科学基金、省教委科研基金和省卫生厅资金资助。对后发性白内障的基础研究及治疗的探索有了一定的深度，就此系列的研究论文在中华眼科杂志及眼科专业杂志发表数篇。
协和医院眼科与国内著名的眼科中心建立了密切的协作关系，并聘请了著名的眼底病专家、北京大学医学部张惠蓉教授；著名眼眶病专家、天津大学宋国祥教授；著名青光眼专家、广州中山眼科中心叶天才教授等数名专家为眼科客座教授，定期前来该院讲学、会诊。使患者可以足不出户，享受国内眼科顶尖技术的专家诊治，极大方便了患者。同时，使医院眼科的技术不断向国内先进水平靠拢。
协和医院眼科还承担福建医科大学各层次、各专业的眼科教学任务。
