感染性疾病科始建于1964年，初期为内科隔离病房；1987年5月建筑面积1566.38平方米的感染科大楼落成后，开设病床40张，后于2005年改建后流程更合理，尤其是自2010年以来，在新一届院领导的关怀下，科室设施更齐全，现有病床52张，抢救室2间。科室拥有一批训练有素、临床经验丰富的专业技术队伍，现有医生9名，护理人员17名，其中主任医师1名，副主任医师3名，主治医师2名，副主任护师1名，主管护师3名。承担全市及内蒙古等周边省市传染病急、危、重症和疑难病例的抢救及会诊外，还承担着酒泉市突发公共卫生事件和输入性传染病的隔离和救治工作。经过几代人的不断努力，现已成为该市集感染性疾病的临床诊治、科研和教学为一体的综合性临床科室。负责收治全市各种肝病、肺结核、艾滋病及其他具有传染性的危重疑难病例；对肺结核合并大咯血、肝硬化合并上消化道大出血、急性肝功衰竭等急症的抢救形成了规范的流程，对艾滋病机会性感染、肺结核尤其是耐药结核合并肺气肿、肺心病，结核性胸膜炎、腹膜炎、脑膜炎以及慢性乙、丙型肝炎肝硬化、肝性脑病、肝肾综合症、肝癌、输入性疟疾等中西医结合诊治积累了丰富经验；对常见的猩红热、流行性腮腺炎、手足口病等疾病的治疗有成熟的方案；对罕见的I、II号病的应急处置能力逐渐增强；对慢性乙肝、脂肪肝、耐药结核的长期健康管理和治疗水平显著提高。尤其是成为（北京）“佑安肝病感染病专科医疗联盟成员单位”、全国科技重大专项“肝炎诊断创新与转化联盟酒泉市分中心”以来，加上与北京胸科、上海肺科医院等知名医院间广泛的业务联系，定期邀请有关专家前来作专题报告与临床病例讨论，不断更新诊疗理念，逐渐缩小了与上级医院间的差距。