本科室由肾病、风湿免疫、内分泌等专业组建，有专业医师6人，曾先后到湖南湘雅医院、湖南省人民医院研修深造，在专业技能方面有高的造诣。

内分泌专业，主要收治糖尿病、甲亢、痛风患者。能开展糖尿病分型，精准监测糖尿病控制效果，早期糖尿病肾病筛查，血糖、血酮常规检测，能做甲亢、痛风性肾病的早期诊断和治疗。

风湿免疫专业，主要收治风湿性关节炎、类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮等疾病。能为患者提供规范、系统的治疗，已引进生物制剂治疗。

肾病专业，是吉首市人民医院重点发展专业，已广泛收治各类肾小球肾炎、间质性肾炎、尿路感染、急性肾损伤（AKI）、慢性肾脏病（CKD）、继发性肾损害及各类中毒等疾病。开展了血液透析、腹膜透析、血液滤过、血液灌流、腹水回输等高端技术。其中腹膜透析已开展10余年，现存病友达50人以上，多次成功举办肾友会，与发达地区经常进行学术交流、合作，是湘西地区的先导者，在社会中享有良好口碑。