1940年成立莎车县人民医院并成立药剂科，初步建立形成了门诊药房。1956年成立中药房和煎药室。1981年扩充住院药房、灭菌制剂室(大输液及小针剂)、药检室、普通制剂室、中药制剂室、药库。2015年成立临床药学室，创办了内部刊物《临床药讯》及《临床用药月报》。2020年建 立药学教研中心，教研中心含科研、药学静脉配置、个体化用药监测实验室、人才培养等为一体。目前，药学部设有临床药学室、门急诊药房、中药饮片和中药颗粒剂药房、住院药房、静脉用药集中调配中心等部门。根据地方病种另设结核门诊药房、艾滋病门诊药房、发热门诊药房。药学部承担着医院药品供应、药事管理、静脉用药调配、临床用药评价、药物不良反应监测、血药浓度监测、临床药师培训、抗菌药物管理、临床药学实验(肠内外营养学)等工作。