病理科前身为大理医学院附属医院病理科，成立于1998年，经过20年病理人的不断努力，目前已发展为云南省规模较大、设备先进、综合实力较强、诊断水平较高、在全省范围内具有一定影响力的大型综合医院病理科室之一，成为大理大学硕士研究生教学科研基地、病理检验专业大学生及进修生的实习基地。于2012年成为首家获云南省级临床重点专科建设项目资助的病理科室。
自2012年成为云南省级临床重点专科建设项目以来，先后获批云南省高校病理学科技创新团队、云南省高校分子病理重点实验室、国家级及省级住院医师规范化培训基地、云南省病理学硕士研究生导师团队、大理大学临床病理重点学科、增设临床病理学硕士学位点、大理大学肿瘤分子病理学创新团队等，在临床病理诊断、教学、科研和人才培养等方面建设成效显着。
科室现已形成了一支以科主任潘云教授为学术带头人的人才队伍，专业知识全面，年龄梯次合理，技术力量雄厚，现有人员15名，其中教授（主任医师）2名，副教授（副主任医师）2名，讲师（主治医师）2名，住院医师3名，病理技师4名，病理技士2名。其中具有博士学位者2名，硕士3名，校级中青年学术和技术带头人2名。
病理科具备优越的实验条件和先进的仪器设备，用房面积1000平方米，设备总资产近1000万元。科室配置有标本接收室、取材室、标本储存室、病理技术室、免疫组化原位杂交室、病理诊断室、荧光显微镜室、分子病理研究室、PCR实验室、细胞培养室、小型学术报告厅以及资料档案室等。
病理科年常规外检量20000余例，细胞学诊断量15000余例，术中快速病理诊断近2000例，肾脏穿刺活检免疫荧光检查、骨髓活检、超声引导下甲状腺穿刺活检等成为优势特色。强项亚专科病理：淋巴瘤病理诊断和研究、骨髓活检病理学、乳腺疾病病理诊断、皮肤病理学、消化道病理学、泌尿系统及妇科肿瘤病理学诊断等，尤其是淋巴组织病例诊断在云南省出于领先地位。
免疫组化、特殊染色、PCR、显色/荧光原位杂交、细胞DNA倍体分析等技术的开展为疑难病例的诊断、鉴别诊断和肿瘤预后及进一步治疗提供强有力的支持，进一步提高了病理诊断水平。在精准医学的时代背景下，病理科陆续开展了肿瘤靶向检测（乳腺癌、胃癌HER-2检测，乳腺癌21基因检测，肺癌EGFR、ALK、ROS1基因突变检测，肺癌10基因检测，结直肠癌KRAS、NRAS、BRAF、PI3KA基因突变检测，淋巴瘤基因重排等），心脑血管疾病个体化用药的基因多态性检测项目（CYP2C9和VKORC1、CYP2C19、SLCO1B1和ApoE多态性），为临床精准用药提供帮助和指导。
病理科参与各类专业本科病理学、南亚留学生pathology、硕士研究生教学，承担《分子病理学》、《现代病理技术》、《临床病理学》、《法医学》、《Forensic Medicine》等课程，教学效果好，其中病理学为云南省精品建设课程。
科研方面，病理学团队共主持各级各类科研项目24项，科研经费达850万元。其中国家自然科学基金项目5项、卫生部科研基金项目1项、云南省科技厅项目8项、云南省教育厅项目4项以及校级科研项目6项。参编出版专着3部，发表学术论文90余篇，其中SCI收录10余篇，北大核心期刊收录30余篇，获大理州科技进步一等奖1项，获大理州医疗卫生新技术新项目一等奖1项、二等奖2项、三等奖2项。
