天津南开医院中西医结合外科在中国工程院院士吴咸中教授的带领下，经过四十年的艰苦探索与实践，学科建设完善，科室设置齐全，医疗水平先进，科研教学效果显著。是国家级外科临床重点学科点，拥有高级职称人员25名，博士生导师3人、医学博士8人。形成了以吴咸中教授、崔乃强教授、秦明放教授为代表的老、中、青三代中西医结合高级人才梯队。设5个外科、重症监护病房、有全国胆胰疾病诊疗中心、内镜诊疗中心和超声诊断中心。

第一外科：是全国著名的中西医结合治疗急腹症的科室，学科带头人周振理教授，胃肠外科疾病为主要治疗疾病，对各类急性阑尾炎、溃疡病急性穿孔、急性肠梗阻、消化道出血等疾病的诊治在国内都居于领先水平。

第二外科：在授衔专家崔乃强教授领导下，技术力量雄厚，手术技巧规范、精湛。是全国胆胰疾病医疗中心，治疗肝胆胰腺外科疾病，是国内较为著名的胆道与胰腺疾病中心。

第三外科：以微创外科为特色，是我市最早开展腹腔镜手术的单位，依托全国中西医结合胆胰疾病诊疗中心，积极开展微创外科治疗，已被天津市列为腔镜外科应用研究基地。已完成各类胆石症、阑尾切除、疝修补术、结肠癌根治术的微创治疗8000多例，单纯性胆囊结石、胆囊息肉的病人99%可顺利经腹腔镜胆囊切除术治愈。对于急性梗阻性化脓性或坏疽性胆囊炎90%的病人可通过急诊腹腔镜胆囊切除术治愈。最近完成了国内首例利用十二指肠镜、腹腔镜、胆道镜三镜联合治疗胆道疾病，标志着腹腔镜技术已跨入国际先进行列。学科带头人秦鸣放教授。

第四外科：以中西医结合治疗消化道肿瘤为特色，学科带头人孔棣教授曾多次到日本留学，专门从事胆胰肿瘤的研究工作，对胃癌、结肠癌的治疗有深入的研究。最新引进了消化道肿瘤的介入治疗，其中包括局部化疗、点管栓塞疗法、肿瘤药物注射等先进治疗方法，疗效显著。

第五外科：是采取中西医结合方法治疗急腹症的科室。对治疗胆囊结石、胆总管结石、胆管炎、胰腺炎及各类阑尾炎、溃疡病、肠梗阻、消化道出血等疾病疗效显著。

重症监护病房：是南开医院危重症加强病房，承担疑难危重病人的抢救。内设床旁管道氧气、管道吸引、对讲机等先进设施和多参数床旁监护设备、心电图机、B超机、人工呼吸机、人工肾等设备，对术后患者可以进行床旁检查、诊断和治疗，使患者特别是高龄患者安全度过手术危险期，早日康复。

全国胆胰疾病诊疗中心：是经国家中医药管理句批准的重点建设学科。该中心学科带头人是中国工程院院士吴咸中教授，学术带头人是崔乃强教授、秦明放教授。设临床部及基础部，另临床部由第二外科、第三外科、消化内镜诊疗中心、超声诊断中心组成。中西医结合治疗胆囊结石、胆总管结石、急性重症胆管炎及急性重症胰腺炎，取得显著的疗效，居全国领先水。胆胰中心承担天津市及全国胆胰疾病患者的会诊任务。

消化内镜诊疗中心：是具有全国影响的腔镜外科基地，引进日本欧林巴斯电子内镜设别及日本东芝公司X光机，除了开展各种胃肠及胆胰疾病的内镜诊断外，广泛开展了内镜治疗，并以经十二指肠镜对胆胰疾病诊断为重点，通脱ERCP诊断胆胰疾病已一万余例，经内镜治疗各种胆胰疾病近三千例，诊疗成功率均达到98%以上，在国内居领先水平。内镜诊疗适用于：肝内外胆管结石、胆管狭窄（良、恶性）等胆道疾病及胰腺疾病；食道静脉曲张、狭窄；胃、结肠息肉、出血及异物的诊治等消化系统疾病。

超声诊断中心：该中心是天津市第一家腹部超声诊断单位。开展了多项新的B超影像学技术，如：对梗阻性黄疸的鉴别诊断，胆道系统结石的诊断及治疗前后的观测，急慢性胰腺炎的诊断及中西医合治疗中的B超动态监测，胃及十二指肠溃疡病穿孔的B超诊断，各类型急性阑尾炎的B超诊断，胃肠道肿瘤、炎症及肝、胆、胰、脾等腹腔内位性病变的B超检查，正确率95%以上，居国内领先水平。