该院儿科承担了大余县婴幼儿的疾病诊断与治疗的主要工作。是大余县唯一的儿科专科学科。学科带头人刘光慧副主任医师现任赣州市儿科学会专业委员会委员，赣州市医学会呼吸学组成员。

科室设置有昔通儿科病房和新生儿童症监护病房（NICU)。昔通儿科开放病床100张，新生儿童症监护病房开放病床20张。占据了大余县人民医院新住院大褛的2楼和3楼两层褛。配置了CPAP呼吸机，进口多功能暖箱、国产暖箱、床旁和中央监护仪，空氧琨合仪，蓝光治疗仪、医生移动工作站等，是目前全县设备先进、医疗护理技术力量最强的危童症儿科、新生儿科病患者 的救治中心和转诊中心。该科近3年平均年收住院患儿6201人次，包括小儿支气管肺炎、婴幼儿腹泻、手足口病、毛细支气管炎及早产儿、极低出生体童早产儿、新生儿肺炎、新生儿病理性 黄疸、新生儿呼吸宭迫综合征等各类病患儿和危童患者。其中有些患儿为县里其它医疗单位转诊的疑难、危童病儿。多年来对危童婴幼儿、新生儿的救治及护理管理和累了丰富的临床经验，达到县里的先进水平。

科室目前医师9人，年龄平均为45周岁以下，其中副主任医师1名，主治医师5名，住院医师3名。科室医师多次前往南京市儿童医院，浙江大学附属儿童医院、江西省儿童医院等医院进修学习。本科学历7人，专科学历2人，固定专科护士27人。

该院儿科的科研水平居全县前列，近两年，完成科研课题3顶，均已结题，发表国家级期刊论文10余篇。

该院是赣南医学院教学培训医院。承担了医学院学生的临床实习、见习。儿科承担了儿科专业培训工作，并承担了全县儿科医师的进修和培训工作。