外科，是医院一类重点学科，是浙江省腹腔脏器微创诊治临床医学研究中心成员单位，设有邵逸夫总院蔡秀军专家工作站，现有“山海”提升工程邵逸夫总院常驻血管外科专家1名。
科室常规诊治胃肠、肝胆、血管、甲乳等普外科疾病，目前常规开展腹腔镜胃、结直肠癌根治手术，腹腔镜肝叶切除手术，腹腔镜脾切除手术，腹腔镜胆总管切开取石术，ERCP，腔镜甲状腺手术，腹腔镜疝修补术，腹腔镜胆囊切除术，腹腔镜阑尾切除术及血管外科各种微创介入治疗等手术。
其中腹腔镜胃癌根治术，腹腔镜结直肠癌根治手术在衢州地区率先开展。科室以微创治疗为特色，形成了腹腔镜手术，ERCP，血管外科微创介入治疗三大特色，微创手术占比约80%左右，减少了患者对手术的恐惧心理，使手术患者术后能快速康复，深受患者好评。
