药学部由院本部药学部、黄埔院区及东山院区药剂科组成，由药学部实行垂直管理，辖门诊西药房、药物咨询室、中药房、内科中心药房、外科中心药房、药厂、静脉药物配置中心、临床药学室、Ⅰ期临床研究室以及科研实验室等10个部门，集药学服务、科研、教学等为一体，是医院重要的医技科室和药事管理与治疗学委员会的常设办公室。药学部现有职工209人，其中主任药师2人，副主任药师6人，中级职称49人，硕士生导师4人；其中博士4人，硕士10人，本科以上学历占63%。
陈孝主任现任中国药学会第23届理事会理事，中国药学会医院药学专业委员会副主任委员，中华医学会临床药学分会常务委员，广东省药学会第16届理事会常务理事，广东省药理学会第6届理事会理事，广东省药学会医院药学专业委员会主任委员，卫生部合理用药专家委员会临床药学专业组专家，广东省卫生厅医院药事管理与阳光用药专家组专家。担任《今日药学》、《药品评价》副主编，《中国医院药学杂志》常务编委，《中国临床药学杂志》、《中国药房》、《药物不良反应杂志》、《中国现代应用药学》、《中国医药》、《中国药业》、《中国临床药理学》等杂志编委。
黎曙霞副主任现任广东省药学会医院药学专业委员会副主任委员等职务，在《中国医院药学杂志》、《今日药学》、《中国临床药学杂志》、《医药导报》担任编委。
任斌副主任现任中华医学会临床药学分会青年委员会委员，中国药理学会治疗药物监测研究专业委员会委员，广东省卫生经济学会第六届理事会临床药学专业委员会常务副主任委员，广东省药学会科普与教育工作委员会常务委员，广东省药学会医院药学专业委员会委员，广东省科技厅广东省农村科技信息服务专家专家，广东省药理学会广东农村安全合理用药服务专家，广东省药学会医院药学研究基金评审委员以及《今日药学》编委。
临床工作：
该院为卫生部临床药师制试点单位和临床药师培训基地，为临床科室配备了15名临床药师，全面参与抗感染治疗等临床药物治疗，重点服务于呼吸科、外科ICU、普内科、胃肠外科、肾移植科、风湿科以及肿瘤科等临床科室。
临床药师参与日常查房、病例讨论和会诊，与医生共同讨论治疗方案，对药物治疗方案提出合理化建议，对重点关注病例制作药历等，向医生护士提供药物咨询、对患者进行用药教育。同时临床药师还承担不良反应监测、处方点评等工作。近三年进行药学监护工作约4000余次，进行患者用药教育约2000余人次，制作重点患者药历400余例，参加院内疑难重症会诊200余例，治疗方案干预医务人员接受率达到87%。
药学部了建立胃、肠内饲管给药规范，提高了用药合理性，减少了不良反应。
药学部于1997年即开始采用TDX仪及高效液相色谱仪从事治疗药物监测工作，为临床提供临床药动学服务，协助临床制定个体化用药方案。先后开展了卡马西平、丙戊酸钠、苯妥英钠、甲氨蝶呤、万古霉素、西罗莫司、霉酚酸等多种药物的治疗药物浓度监测，共监测临床病例6000余例，并指导临床依据治疗药物浓度监测结果制定合理用药方案，实现个体化给药。通过治疗药物监测，协助临床进行药物治疗监测，如为个别患者建立了HPLC法测定两性霉素Ｂ血药浓度和钆喷酸葡胺脑脊液浓度，根据监测结果及药物消除情况，提供治疗建议，获得临床好评。
药学部开展了CYP3A5、2C9、2C19、 TPMT等药物代谢酶及VKORC1等基因检测，逐步开展了华法令、环孢素、FK506、硫唑嘌呤、环磷酰胺等药物的个体化治疗，取得了患者的好评。
建立了临床用药信息管理平台，通过阳光用药管理、抗菌药物管理和处方点评三个模块对医院药品使用情况进行监控，对重点药品、重点科室的用药进行分析，促进了临床合理用药。
科学研究：
药学部临床药学实验室及Ⅰ期临床实验室配备有荧光偏振免疫分析仪、液相色谱质谱联用仪、多台Waters高效液相色谱仪、MassArray SNP基因分型定制平台，ABI 7500荧光定量PCR 仪、多台PCR 扩增仪、电泳仪等。在完成日常工作的基础上，积极开展一系列的临床研究工作。根据群体药动学原理估算患者药动学参数，为患者制定个体化给药方案。先后完成肾移植病人西罗莫司、霉酚酸、咪唑立宾临床药动学研究；癫痫患者苯妥英及肾移植病人环孢素、西罗莫司、霉酚酸的群体药动学研究；人工神经网络用于肝、肾移植患者他克莫司、西罗莫司、霉酚酸个体化给药研究；类风湿关节炎患者MTX药物代谢多态性研究；国产吉米沙星片、环孢素胶囊、依维菌素片、格拉丝琼片人体生物等效性研究；双嘧达莫、阿莫西林/克拉维酸钾缓释片在Beagle犬体内的临床前药动学研究等。
该院I期临床试验研究室2007年11月顺利通过SFDA首次“机构资格认定”现场检查，已建设成为机构健全、人员配置合理、制度完善、具有可持续发展潜力的独立运作的临床试验平台，已完成多项Ⅰ期临床试验、生物等效性试验以及临床药代动力学试验等研究，顺利通过国家食品药品监督管理局的现场核查。
近年来，药学部获得国家自然科学基金2项，广东省自然科学基金2项，广东省科技计划项目等省级以上课题15项，发表专业论文超过200篇，其中SCI收录近20篇，编写专著十余本，包括《英汉药学辞典》、《药物临床试验标准操作规程实用指南》、《临床药物速查手册》、《新药临床应用手册》、《量体裁药不是梦》等。
人才培养：
1、本科生教学
中山大学药学院临床药学教研室设置于该院药学部，陈孝主任同时担任教研室主任。开展临床药学研究生及本科生教学，负责中山医学院检验医学系《治疗药物监测》及中山大学药学院《临床药物治疗学》的本科生教学任务。每年接受来自中山大学药学院、中山大学新华学院、南方医科大学、广东药学院、嘉应学院、广州市卫生学校等药学专业实习生数十名，讲授药品调剂、药物治疗学及药事管理等相关课程。
2.研究生培养
药学部现有硕士研究生导师4名，招生方向为药理学（临床药学方向），每年招2～3名，已毕业16人，在读硕士研究生8名。2012年开展中山大学药学院临床药学专业硕士的培养工作，
3.医学继续教育
药学部针对新职工制定了完善的三年“药师规范化培训计划”，并通过“早会”、“午间例会”、“临床药师病案讨论”、“药学沙龙”等各种形式加强对职工、临床药师、进修生及研究生的继续教育和培训。组织全体职工及进修生参加科级及院级“三基”培训及考核。每年平均先后外派学习100多人次，包括派送多名临床药师到美国等地进修学习。
在该院药学部倡导下，自2009年12月开始已经举办了各中山大学附属医院参与的“中山大学药学沙龙”23次，与临床专家沟通用药知识和进展，提高了各附属医院临床药师的合理用药水平。
加强进修生培训及卫生部临床药师培训基地工作。2010年起接收卫生部临床药师培训基地抗感染药物专业、ICU及县级抗感染药物专业等学员18人，接收进修学员8人。
布谷医生
