中山大学附属第三医院药学部包括天河院区和岭南院区两部分，岭南院区由天河院本部垂直管理。药学部设置临床药学室、天河院区静脉用药配置中心、岭南院区静脉用药配置中心、天河院区门诊西药房、天河院区住院药房、天河院区中药房、岭南院区门诊西药房、岭南院区门诊中药房、岭南院区住院药房、制剂室、药库、试剂库、博惠药房、临床试验药房以及药品检验和科研实验室等，是集药学服务、药品管理、药物制剂、教学和科研为一体的综合性医技科室，负责全院药品供应、调配、制剂、合理用药以及药物临床试验管理工作。是国家药品不良反应监测哨点、卫生部抗菌药物监测网成员单位、国家重点研发计划精准医疗集成应用示范单位；中山大学和广东药科大学教学基地。药学部现有药学专业人员205人，高级职称12人，中级职称43人；博士2人，硕士18人，本科167人。
学科带头人张永明，药学博士，主任药师，硕士生导师。现任中山大学附属第三医院药剂部主任，从事医院药学管理、科研、教学工作近30年，主要开展新型释药系统和医院药学信息技术研究工作，对药物体内递送体系有深入研究，注射缓释微球制剂研究成果获得广东省医院药学科学技术奖、中国医院药学科学技术奖，授权专利1项，发表SCI论文多篇。兼任广东省药学会、广东省药理学会理事和多个专业委员会副主任委员、常委以及中国医院药学杂志、今日药学杂志编委。
药学部作为医院药品采购供应和临床合理使用管理的核心部门，始终秉承“以病人为中心，提供优质药学服务”这一服务宗旨，坚持“药师与您守护健康”的服务理念，充分利用现代化计算机管理技术，探索高效先进的管理体系，构建高水平的药学服务平台，推行全程化药学服务，计算机信息技术在该院药学工作中的应用得以充分的体现。药品采购、供应和使用全过程均有质量和使用合理性的分析评估、监控和专业干预，保证病人用药合理、经济、安全、有效。临床药师通过开展医院用药分析、处方点评、临床药师查房会诊、药物使用监控、药品不良反应监测、药学门诊、药物基因和药物浓度监测、药物咨询服务、用药指导等工作，医、护、药携手不断提高医院临床药物治疗水平，促进合理用药；静脉用药调配中心集中调配全院病人的静脉用药，病人临床静脉使用药物均经严格的药学审核，杜绝药物配伍禁忌，确保药物相溶性、稳定性、有效性以及有效地预防输液不良反应，药物调配实施全过程质量管理，住院病人使用的每一瓶输液均按照标准操作规程，在严格的洁净环境下进行配置，最大限制地减少配置过程污染，为住院病人静脉用药提供高质量的用药安全保障；门诊药房拥有国内首创的药品调剂“一药打印一药袋，药师凭药袋配药”新模式，实现了配药发药计算机化，大大减少了配发药错误，也有利于病人自我核对药品，减少用药差错，开展病人电话回访工作，提供全天候用药咨询，跟进病人用药情况，提升门诊病人药学服务质量；住院药房率先设计使用病房单剂量包装电子药袋，取代传统重复使用药杯，方便药师、护士及患者核对药品，有效防止用药错误和药品交叉污染，增加患者服药的依从性，病人满意和医院同行借鉴使用；医院制剂室有标准的制剂生产和质量管理条件，生产医院特殊制剂30多种，其中复肝酶胶囊、丹参五味子片、喉咽灵口服液、岗梅感冒灵颗粒、复方尿素软膏等制剂临床疗效显著，深受广大医务人员和患者的认可。
药学部现有良好的人员和设施条件，一个工作氛围非常和谐、团结合作的核心和集体，科内各项工作有序高效运行。医、教、研、学科建设等方面近年来取得了长足的发展，拥有领先水平的医院药学管理技术。获得了多项国家、省、市级科研课题，发表论文数百篇；具有药剂学硕士研究生培养资格；承担了中山大学药学院、广东药科大学等大专院校药学专业学生的见习、实习教学任务。
在科学技术高速发展的时代，计算机信息管理技术已经贯穿该院药学管理全过程，药学部将继续沿着医院药学工作信息化和专业化的发展方向，充分利用现代科学技术和发挥药学人员专业服务于病人的作用，注重科室文化建设，鼓励员工创新意识，加强年轻药师专业培养，坚持开展多样化、群众化、经常化丰富多彩的文化活动, 提高药学部文化品位, 在潜移默化中促进职工队伍素质的提高, 形成比、学、赶、帮的文化氛围，激励员工的工作积极性、主动性，凝聚药师团队专业力量，将更好地服务于病人、服务于社会。
