神经外科为医院特色专科，联勤保障部队第九六〇医院神经外科技术协作科室，昌邑市脑外伤、脑挫伤、脑出血、脑肿瘤治疗中心。
神经外一科现有医护人员21名，其中副主任医师1名，主治医师4名，医师2名；主管护师2名，护师5名，护士7名；硕士研究生1名。设置床位40张。建有一流的危重病监护室，配置高档监护仪11台，监护床9张。
神经外二科现有医护人员16名，其中副主任医师1名，主治医师2名，医师2名；主管护师1名，护师3名，护士7名；博士研究生1名，硕士研究生1名。设置床位26张。建有一流的危重病监护室，配置高档监护仪6台，监护床5张。
科室医生工作站与CT室影像工作站实现联网，可即时查询诊断结果，为抢救治疗患者赢得了宝贵时间。多年来,以精湛的技术，热情的服务挽救了一个又一个生命垂危病人,多年的经验积累以及先进技术的推广应用使业务水平节节攀升,对各种疾病的诊治达到了国内同步水平,目前开展的项目有:
1、各种轻、中、重度颅脑损伤的抢救及手术治疗。
2、颅脑损伤引起的各种并发症如脑积水、颅骨缺损、脑脊液漏等疾病的手术治疗，应用高科技材料进行颅骨修补，做到质地坚固和外型美观。
3、大、小脑半球的肿瘤、包括胶质瘤、脑膜瘤、脂肪瘤、畸胎瘤、蛛网膜囊肿、错构瘤、转移瘤等。脑血管畸形、寄生虫病、脑脓肿等疾病的手术治疗。
4、近几年来，率先成功开展了微创手术，对慢性硬膜下血肿、硬膜外血肿、脑内血肿及硬膜下积液的治疗做到创伤小、疗效好、治疗彻底。
5、颅脑损伤、高血压脑出血引起的昏迷、偏瘫、语言障碍、精神异常等症状的康复治疗、护理指导。
6、近来在显微神经外科方面开展了改良翼点入路治疗视神经损伤、脑动脉畸形手术治疗等，达到了省内先进水平。
7、注重专业学术方面的协作与交流。远程会诊中心的建立，通过宽带视频与北京、上海、济南地等知名专家教授面对面交流，患者的病情、诊治及相关检查资料均可传送至全国名院，供专家教授查阅，对当前治疗进行评估并提出指导性意见。2007年10月白求恩医科大学北京专家临床基地建立后，医院不定期邀请北京天坛医院等国内神经外科方面的权威专家来院坐诊、手术，进行疑难病例会诊；2010年8月与联勤保障部队第九六〇医院神经外科（全军医学专科中心）建立技术协作关系，可随时邀请联勤保障部队第九六〇医院神经外科专家来院进行疑难危重症会诊、手术。患者不出家门便可享受国内领先水平的治疗，且收费低廉，方便快捷。
为给患者提供一站式优质温馨服务，建立了温馨病房，设立了知心护士，推出了健康教育输液法。作为试点科室之一，在全院率先开展了“优质护理服务示范病房”创建活动，并被山东省卫生厅评选为全省“优质护理服务示范病房”。全科医护人员愿用高超的技艺、勤劳的双手、全心全意地为广大患者服务。
